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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】分子动力学模拟中的图形和演示问题
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jianchaoyv

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟中的图形和演示问题

请教各位:
  分子动力学模拟中,用fortran写的程序怎样所需物理量的曲线图(如:模拟中各步的能量图), 怎样按模拟的轨迹来演示其运动过程?

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-28 at 13:47 ]
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1楼 2009-04-25 08:29:44
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
loovfnd(金币+2,VIP+0):谢谢参与！ 4-25 09:34
你得输出了这些量
然后用ORIGIN或者VMD等软件显示就行了 看来你是新手中的新新手
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2楼2009-04-25 09:21:22
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 4-26 10:09
这还是你自己编的程序，having all atomic coordinates as well as velocity at hand，把它们按顺序输出就行了
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3楼2009-04-25 10:18:55
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jianchaoyv

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2009-4-25 09:21:
你得输出了这些量
然后用ORIGIN或者VMD等软件显示就行了 看来你是新手中的新新手

我确实是新手, 希望高手们指点一二, 不胜感激！！
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4楼2009-04-26 08:25:50
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
你是自己编的程序还是用的别人的
或者是比较成熟的通用的代码
如果是后者那么一般只要将输出文件显示就是了 也会有通用的显示软件如VMD等
上手比较容易
如果是自己编的或者拿别人编的 那就要稍微看看输出和统计部分了
起码也得保证你将所要的量进行了统计和输出
然后找到那些坐标啊能量啊 用ORIGIN等等画出来就是
也比较好上手
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5楼2009-04-26 10:12:22
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jianchaoyv

金虫 (小有名气)
我想自己编程, 能否提供一个完整的例子? 其中包含分子动力学模拟程序、数据图形处理、动态演示等内容。因为初学特想找个完整的例子学习一下，请前辈高手们成全！！例子越简单越好，但要包含数据图形处理、动态演示等内容。
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6楼2009-04-26 13:36:43
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 4-27 08:49
引用回帖:
Originally posted by jianchaoyv at 2009-4-26 13:36:
我想自己编程, 能否提供一个完整的例子? 其中包含分子动力学模拟程序、数据图形处理、动态演示等内容。因为初学特想找个完整的例子学习一下，请前辈高手们成全！！例子越简单越好，但要包含数据图形处理、动态演示 ...

这种例子没有。
图形处理、动态演示并不是MD模拟计算的一部分。
你在MD计算中，把结果输出到文件中，然后你再去处理或演示。
你编程序，先要从Md模拟的基本算法入手。
如果有现成的MD程序，那么你就从读懂程序的输出结果来入手。
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7楼2009-04-26 17:53:53
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