【求助】【求助】配位数的计算 - 分子模拟 - LAMMPS/DL_POLY - 第2页小木虫论坛-学术科研互动平台

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老虎大王

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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 4-27 11:30

或者,如果你有构型,并且用现成的程序输出了RDF，你不想修改人家的程序来输出配位数，那么建议你用搜索构型的方法求配位数，而不必根据RDF去积分求配位数（你不清楚人家具体的归一化方法，积分容易出错）。求配位数的方法是：
1。根据RDF或其它知识，选择一个配位距离（比如RDF第一谷的位置，设为r0）
2. 将任一原子设为中心原子，搜索与其距离在r0以内的原子个数（注意周期性边界条件，对多组分体系可以分类）
3. 将第2步遍及所有中心原子
4. 将第2和第3步遍及所有不同时刻的构型。
5. 求平均。（包括中心原子平均和构型（即时间）平均）。
这就是配位数的算法，简单得很。若要求配位数随配位距离的变化，再选不同的距离，多一层循环就是了。

[ Last edited by 老虎大王 on 2009-4-27 at 10:24 ]