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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】【求助】配位数的计算
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 4-27 11:30
或者,如果你有构型,并且用现成的程序输出了RDF，你不想修改人家的程序来输出配位数，那么建议你用搜索构型的方法求配位数，而不必根据RDF去积分求配位数（你不清楚人家具体的归一化方法，积分容易出错）。求配位数的方法是：
1。根据RDF或其它知识，选择一个配位距离（比如RDF第一谷的位置，设为r0）
2. 将任一原子设为中心原子，搜索与其距离在r0以内的原子个数（注意周期性边界条件，对多组分体系可以分类）
3. 将第2步遍及所有中心原子
4. 将第2和第3步遍及所有不同时刻的构型。
5. 求平均。（包括中心原子平均和构型（即时间）平均）。
这就是配位数的算法，简单得很。若要求配位数随配位距离的变化，再选不同的距离，多一层循环就是了。

[ Last edited by 老虎大王 on 2009-4-27 at 10:24 ]
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11楼2009-04-27 10:22:48
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chunwang

铜虫 (小有名气)
通过分析轨迹文件，只能得到一个RDF曲线，依老虎大王的意思应该怎样计算配位数啊？
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12楼2009-04-27 15:14:02
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chunwang

铜虫 (小有名气)
发完帖子才看到回复，非常感谢！
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13楼2009-04-27 15:17:47
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shuiruohan2026

新虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 4-29 08:58
根据你求的RDF曲线积分就可以求了
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14楼2009-04-28 16:23:48
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