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【求助】【求助】配位数的计算
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用分子动力学模拟得到了径向分布函数，但不知道在程序里怎样实现配位数的计算。计算公式知道，就是不知道怎么操作，还请各位高手指点指点！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:58 ] |
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老虎大王
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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 4-27 11:30
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或者,如果你有构型,并且用现成的程序输出了RDF，你不想修改人家的程序来输出配位数，那么建议你用搜索构型的方法求配位数，而不必根据RDF去积分求配位数（你不清楚人家具体的归一化方法，积分容易出错）。求配位数的方法是： 1。根据RDF或其它知识，选择一个配位距离（比如RDF第一谷的位置，设为r0） 2. 将任一原子设为中心原子，搜索与其距离在r0以内的原子个数（注意周期性边界条件，对多组分体系可以分类） 3. 将第2步遍及所有中心原子 4. 将第2和第3步遍及所有不同时刻的构型。 5. 求平均。（包括中心原子平均和构型（即时间）平均）。 这就是配位数的算法，简单得很。若要求配位数随配位距离的变化，再选不同的距离，多一层循环就是了。 [ Last edited by 老虎大王 on 2009-4-27 at 10:24 ] |
11楼2009-04-27 10:22:48
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