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fuzp

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】LDA+U计算出错

因为体系中有Cu,所以用Castep, LDA+U, norm-conserving(这个不能用USSP), 单胞里就4个原子。其他都选medium,提交任务后一开始还很正常,但是中间突然就响应很慢,直到完全没响应,系统停止响应前的状态附后,很奇怪负载怎么会到22,虽然我的cluster总共有24核,但是每个节点上是8个,而现在主节点上的负载达到了24,系统重新有响应后,负载居然是48。然后任务就出错了,从material studio的输出文件上看不出哪儿有问题。

top - 08:09:28 up  9:01,  1 user,  load average: 21.99, 11.88, 9.62
Tasks: 193 total,  32 running, 161 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu(s):  0.0%us,100.0%sy,  0.0%ni,  0.0%id,  0.0%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
Mem:  12298980k total, 12236988k used,    61992k free,      320k buffers
Swap: 12550136k total, 12550136k used,        0k free,     5164k cached

  PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND
4553 root      14  -1  178m 1064  848 S 114.6  0.0  40:45.15 modclusterd
  779 root      15  -5     0    0    0 R 88.6  0.0   9:36.43 kjournald
  408 root      14  -5     0    0    0 R 87.5  0.0  29:06.09 kswapd0
4419 root      19   0 41576 5432 3304 R 35.7  0.0   7:55.32 maui
16531 msemsi    18   0 16240  936  664 R 35.7  0.0   0:01.80 httpd
16518 root      17   0 12736 1052  724 R 32.7  0.0   0:04.61 top
3633 root      18   0  5904  112   88 R 28.6  0.0   4:23.94 syslogd
16530 msemsi    20   0 16104  848  596 R 26.4  0.0   0:07.73 httpd
    1 root      23   0 10344   48   20 R 23.8  0.0   3:42.05 init
4452 haldaemo  19   0 31216 1004  568 R 23.8  0.0   7:08.63 hald
15701 msemsi    25   0 18012  604  512 R 23.8  0.0   0:10.44 httpd
10803 msemsi    22   0 18724 1876  504 R 23.6  0.0   2:57.11 httpd
11302 msemsi    24   0 18708  652  520 R 21.2  0.0   2:26.99 httpd
15694 msemsi    25   0 18148 2504  556 R 19.8  0.0   0:18.13 httpd
15695 msemsi    25   0 18324 1408  532 R 19.8  0.0   0:13.21 httpd
16395 msemsi    25   9 3904m 1.4g  600 R 19.2 12.1   5:32.54 castepexe_mpi.e
10812 msemsi    21   0 18864 1004  516 R 17.8  0.0   1:52.60 httpd
16525 msemsi    22   0 16104  580  332 R 15.9  0.0   0:17.70 httpd
4262 root      25   0  7608   28   12 R 15.7  0.0   3:05.17 dhcpd
15680 msemsi    25   0 18464 1620  532 R 13.9  0.0   1:00.49 httpd
15698 msemsi    25   0 18004 2400  508 R 13.5  0.0   0:12.89 httpd
16396 msemsi    26   9 3902m 1.4g  552 R 12.9 12.1   5:33.15 castepexe_mpi.e
3653 root      25   0 10732  232  164 R 11.9  0.0   6:06.38 irqbalance
16400 msemsi    27   9 3902m 1.5g  552 R 11.7 12.6   6:05.63 castepexe_mpi.e
16401 msemsi    25   9 3902m 1.5g  552 R 10.9 13.2   5:52.05 castepexe_mpi.e
16402 msemsi    30   9 3902m 1.6g  560 R 10.7 13.3   5:51.55 castepexe_mpi.e
16528 msemsi    24   0 16240  936  664 R 10.7  0.0   0:07.34 httpd
16397 msemsi    25   9 3902m 1.5g  552 R  8.7 12.7   6:06.30 castepexe_mpi.e
16398 msemsi    27   9 3902m 1.2g  552 R  7.9  9.9   6:00.40 castepexe_mpi.e
16399 msemsi    25   9 3902m 1.5g  552 R  7.7 12.6   6:04.18 castepexe_mpi.e
10830 msemsi    25   9 19504  620  556 R  5.9  0.0   1:56.24 httpd
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