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【分享】从VNL里面导出.xyz格式
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这是我在官网上看到的东西，觉得很有用，就翻译过来给大家。 win环境下首先在VNL/atk/lib路径下建立文件夹，名称为site-packages linux下在VNL/atk/lib/python2.4已经存在，打开VNL里面的Script Editor，将下面的一段拷贝进去： from ATK.KohnSham import * def printXYZFile (configuration): elements = configuration.elements() coordinates = configuration.cartesianCoordinates() print len(elements) print 'From VNL' for elem,coords in zip(elements,coordinates): print elem.symbol(), for i in coords: print i.inUnitsOf(Angstrom), 保存在site-packages文件夹里，起名为xyztool.py 假设我们有个molecular的文件，将其拖入Script Editor里面，在最下面，加入这两行： from xyztool import printXYZFile printXYZFile(molecule_configuration) 注意最后一行，是要分别你的是簇文件，还是分子，还是双电极的。 再将其拖入到Job manager，运行，在面板上得到坐标，复制，粘贴保存成.xyz格式即可。 以后只需要重复下划线的过程即可。 |
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zdhlover2楼
2009-04-22 11:32
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