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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】关于分子动力学模拟机器配置的问题
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霹雳旋风

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 【求助】关于分子动力学模拟机器配置的问题

[本人想开展分子动力学的模拟计算,近期准备配一台价钱在6000左右的机器.

请懂电脑的帮忙看看下面这个价钱,配置是否合理? 如何改进,谢谢
CPU        Inter酷睿2四核 Q8200(原盒)                         1145
主  板        华硕P5Q Pro主板（Intel P45/LGA 775）          980
显  卡        华硕9600GT    或者                                       840
               影驰9800GTX+骨灰上将版                              1000
内  存        金士顿DDRII1066 2G×2                         150*2
显示器        三星T220P 22寸                                         1420
光  驱        先锋 DVR-216CH 串口 DVD刻录机                         205
硬  盘        希捷ST7200.11.32 SATA2 500G×2        390*2
键  盘        罗技无影手Pro 2400无线键鼠套装                         300
鼠  标               
机箱电源        ATX+长城400P4                                         320
                             

                                                      总价                6450 /6290 元.

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-21 at 15:07 ]
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1楼 2009-04-20 21:39:32
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beyondstar

木虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+1,VIP+0):感谢你的参与！ 4-21 23:33
霹雳旋风(金币+1,VIP+0):谢谢 4-22 08:04
用 个乱显卡，300左右的就行，钱加到CPU上，保证提高效率
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2楼2009-04-21 09:12:41
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+1,VIP+0):感谢你的参与！ 4-21 23:33
霹雳旋风(金币+1,VIP+0):谢谢 4-22 08:04
作MD
  个人觉得　最重要的是　内存和网络．　
　　当然你要是工作站的话，可能没有什么网络设置．那就内存一定要大．作计算的瓶颈并不在　CPU上，
　　　在对数据的交换和存贮上．
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
3楼2009-04-21 10:46:35
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★
霹雳旋风(金币+1,VIP+0):谢谢 4-22 08:04
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
此配置是游戏机配置，显卡键盘鼠标普通的就行，你可以考虑多买些多核CPU，好像有双CPU的主板，这样每个CPU四核，两个就八核，对你计算大体系很有帮助的
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4楼2009-04-21 23:40:58
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beyondstar

木虫 (正式写手)
★ ★
霹雳旋风(金币+1,VIP+0):谢谢 4-22 08:05
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
superdirac  
铜虫说法有待商榷，计算的瓶颈就在CPU上，内存决定能算多大的体系，CPU决定快慢。内存影响不大
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5楼2009-04-22 07:38:29
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
yuhuobuku(金币+3):欢迎参加讨论
给你推荐个配置，动力学跑起来超级快，只比你的配置贵一点点，你如果跑动力学，不用配什么显卡，内存也没必要配很大，这个配置是8核，2G内存，跑动力学足以，而且很稳定。
CPU：Intel Xeon 5410 2.33G *2
主板：超微 X7DVL-E
内存：金士顿 2GB DDR2 667(ECC FB DIMM)
硬盘：500G企业级
电源：航嘉 磐石 500
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6楼2009-04-22 08:04:30
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superdirac

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by beyondstar at 2009-4-22 07:38:
superdirac  
铜虫说法有待商榷，计算的瓶颈就在CPU上，内存决定能算多大的体系，CPU决定快慢。内存影响不大

你试过 32 个以上cpu的计算吗??　　 呵呵!　
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
7楼2009-04-22 08:28:31
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beyondstar

木虫 (正式写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):感谢你的参与！ 4-24 00:13
一起用32个，那也太傻了，应该分着用,
主频尽可能要高，一般超过 2.66G的最好，内存基本影响不大。如果是单机

[ Last edited by beyondstar on 2009-4-22 at 12:25 ]
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8楼2009-04-22 12:23:46
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superdirac

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by beyondstar at 2009-4-22 12:23:
一起用32个，那也太傻了，应该分着用,
主频尽可能要高，一般超过 2.66G的最好，内存基本影响不大。如果是单机

[ Last edited by beyondstar on 2009-4-22 at 12:25 ]

呵呵! 10000个原子 算10ns .你给我拿 单机 算!
  要是这么算我太佩服你了!
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2009-04-22 14:29:53
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):感谢你的参与！ 4-24 00:14
10k个原子算10ns 只是一个小体系，如果软件选得好如gmx，单机上1-2天就能搞，namd 的话也不到1周。md 运算主要是cpu的个数和频率，如果集群的话还要考虑到网络。

内存不存在，namd 算100k个原子耗内存不到300M。

显卡的话，如果机器只是计算不需要好的显卡，甚至不需要显卡。
但如果要做数据分析，最好显卡也弄个好的。MD 是要出很多很漂亮的图图的。
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10楼2009-04-22 16:15:39
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