| 查看: 284 | 回复: 1 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
请教系统发育树分析过程中的问题
|
|||
|
刚做这方面的实验，我是小白菜，请大家指教！ 问题有点多，先答谢10个金币吧  1。由于样品基因片段比较短，有几个结果不确定，想通过构建系统发育树来分析一下，不知这样必要不？可行不？ 2。软件的选择：不知道有什么讲究吗？或者哪些更权威？我暂时打算用phylip，行不？ 3。ncbi的分析结果中，有Lineage Report ，Organism Report ，Taxonomy Report ，三者有何区别？另外，下面表hit值反映了什么（如Bacteria:表示50个结果隶属于这一大类，且是属于15种org？）？取舍的原则是什么（会不会因为某结果hit数最高而即使该菌在相关研究中未报到过或跟研究相关较小也选择它呢）？ -------------------------------------------------------------------------------- Taxonomy Report Bacteria .............................................. 50 hits 15 orgs [root; cellular organisms] . environmental samples ............................... 34 hits 3 orgs . . uncultured bacterium .............................. 32 hits 1 orgs . . uncultured eubacterium env.OPS 17 ................. 1 hits 1 orgs . . unidentified bacterium ............................ 1 hits 1 orgs . Bacteroidetes ....................................... 3 hits 3 orgs [Bacteroidetes/Chlorobi group] . . environmental samples ............................. 2 hits 2 orgs . . . unidentified Cytophagales OPB73 ................. 1 hits 1 orgs . . . uncultured Bacteroidetes bacterium .............. 1 hits 1 orgs . . Parapedobacter sp. 4M40 ........................... 1 hits 1 orgs [Sphingobacteria; Sphingobacteriales; Sphingobacteriaceae; Parapedobacter] . Proteobacteria ...................................... 13 hits 9 orgs . . Betaproteobacteria ................................ 12 hits 8 orgs . . . uncultured beta proteobacterium ................. 2 hits 1 orgs [environmental samples] . . . Burkholderiales ................................. 8 hits 5 orgs . . . . uncultured Herbaspirillum sp. ................. 1 hits 1 orgs [Oxalobacteraceae; Herbaspirillum; environmental samples] . . . . Burkholderiales Genera incertae sedis ......... 6 hits 3 orgs [unclassified Burkholderiales] . . . . . uncultured Aquabacterium sp. ................ 2 hits 1 orgs [Aquabacterium; environmental samples] . . . . . uncultured Rubrivivax sp. ................... 1 hits 1 orgs [Rubrivivax; environmental samples] . . . . . uncultured Ideonella sp. .................... 3 hits 1 orgs [Ideonella; environmental samples] . . . . uncultured Azohydromonas sp. .................. 1 hits 1 orgs [Alcaligenaceae; Azohydromonas; environmental samples] . . . unclassified Betaproteobacteria (miscellaneous) . 2 hits 2 orgs [unclassified Betaproteobacteria] . . . . beta proteobacterium BAC126 ................... 1 hits 1 orgs . . . . beta proteobacterium LF4-45 ................... 1 hits 1 orgs . . uncultured proteobacterium ........................ 1 hits 1 orgs [environmental samples] [ Last edited by shinyjoy on 2009-4-17 at 01:25 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有5人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有74人回复
-
岩土工程学报什么时候才能终审完呐
已经有4人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有9人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有16人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有12人回复
2楼2009-04-19 22:29:54
25
