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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 心得、技巧、经验分享 » autodock对接：含季铵盐正离子的配体分子在经Torsion tree处理后结构总会变化
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渌水清扬

金虫 (小有名气)

[求助] autodock对接：含季铵盐正离子的配体分子在经Torsion tree处理后结构总会变化 已有1人参与

最近用autodock做对接，处理配体分子时总出问题，我的配体分子含季铵盐，而且是个共轭结构，但是经过Torsion tree处理后结构一直变化，共轭结构被打断了，变成饱和碳，季铵盐也变成了叔胺，哪位大神能指导指导a@月只蓝
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为知识，为明天
1楼 2018-11-10 16:10:01
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小分子配体结构没有优化好的原因吧
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2楼2018-11-12 08:11:17
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渌水清扬

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2018-11-12 08:11:17
小分子配体结构没有优化好的原因吧

我用chem3d进行能量最低处理了，那个MM

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为知识，为明天
3楼2018-11-13 23:50:41
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吴秋兰

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 渌水清扬 at 2018-11-13 23:50:41
我用chem3d进行能量最低处理了，那个MM
...

您好，软件可以分享一下么，谢谢！1492576029@qq.com
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4楼2018-11-25 16:52:49
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)
小分子没有处理好，不是能量优化能解决的。你试下用殷赋云计算平台啦，只要画2D结构式就可以了，后续的所有操作都是点点鼠标就能自动完成的。
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5楼2019-03-25 12:10:51
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