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stfoxst

银虫 (小有名气)

[求助] 病毒序列对比网站或数据库已有1人参与

请教一个问题:

鉴定一个新病毒, 病毒的超离样品通过随机引物扩增出了片段后, 使用哪一个网站或软件做Blast?

我们把此片段的序列在ncbi上做blast, 没有同源性片段. 在ViPR或ncbi的PASC上进行对比, 可以blast到一些序列, 但同源性很低, 无法判断是哪一科的病毒.

那么, 请问有没有比较全面的病毒生物信息网站呢? 谢谢!
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AndGodsaid,Lettherebelight:andtherewaslight.
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147258sci

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

您好!我也有这个问题
能不能请教你一下,VIPR是什么数据库,具体怎么操作呢?百度了一下没有词条。
2楼2018-12-21 17:10:17
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stfoxst

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 147258sci at 2018-12-21 17:10:17
您好!我也有这个问题
能不能请教你一下,VIPR是什么数据库,具体怎么操作呢?百度了一下没有词条。

好久没来了,刚看到。链接 https://www.viprbrc.org/brc/home.spg?decorator=vipr
AndGodsaid,Lettherebelight:andtherewaslight.
3楼2019-06-13 16:35:40
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)

4楼2019-07-08 07:56:21
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stfoxst

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2019-07-08 07:56:21
片段多大?

200多bp, 因为使用rapd扩增的
AndGodsaid,Lettherebelight:andtherewaslight.
5楼2022-02-06 13:41:57
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青霉素w

铜虫 (小有名气)

大概是什么方向的什么类型病毒?
6楼2022-02-07 11:01:44
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zhlgyy

木虫 (著名写手)

蒙塔基的钢蛋

先识别下ORF,可以把序列分区blast一下,某一段肯定和其他序列同源性比较高。可能是重组病毒
7楼2022-07-19 10:44:11
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