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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 病原/病毒 » 病毒序列对比网站或数据库
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stfoxst

银虫 (小有名气)

[求助] 病毒序列对比网站或数据库 已有1人参与

请教一个问题:

鉴定一个新病毒, 病毒的超离样品通过随机引物扩增出了片段后, 使用哪一个网站或软件做Blast?

我们把此片段的序列在ncbi上做blast, 没有同源性片段. 在ViPR或ncbi的PASC上进行对比, 可以blast到一些序列, 但同源性很低, 无法判断是哪一科的病毒.

那么, 请问有没有比较全面的病毒生物信息网站呢? 谢谢!
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AndGodsaid,Lettherebelight:andtherewaslight.
1楼 2018-11-02 12:21:59
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147258sci

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

您好！我也有这个问题
能不能请教你一下，VIPR是什么数据库，具体怎么操作呢？百度了一下没有词条。
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2楼2018-12-21 17:10:17
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stfoxst

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 147258sci at 2018-12-21 17:10:17
您好！我也有这个问题
能不能请教你一下，VIPR是什么数据库，具体怎么操作呢？百度了一下没有词条。

好久没来了，刚看到。链接 https://www.viprbrc.org/brc/home.spg?decorator=vipr
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AndGodsaid,Lettherebelight:andtherewaslight.
3楼2019-06-13 16:35:40
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)
片段多大？

发自小木虫Android客户端
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4楼2019-07-08 07:56:21
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stfoxst

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2019-07-08 07:56:21
片段多大？

200多bp, 因为使用rapd扩增的
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AndGodsaid,Lettherebelight:andtherewaslight.
5楼2022-02-06 13:41:57
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青霉素w

铜虫 (小有名气)
大概是什么方向的什么类型病毒？
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6楼2022-02-07 11:01:44
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zhlgyy

木虫 (著名写手)

蒙塔基的钢蛋
先识别下ORF，可以把序列分区blast一下，某一段肯定和其他序列同源性比较高。可能是重组病毒
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7楼2022-07-19 10:44:11
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