应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 病原/病毒 » 病毒序列对比网站或数据库
71/1返回列表
查看: 4789  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

stfoxst

银虫 (小有名气)

[求助] 病毒序列对比网站或数据库 已有1人参与

请教一个问题:

鉴定一个新病毒, 病毒的超离样品通过随机引物扩增出了片段后, 使用哪一个网站或软件做Blast?

我们把此片段的序列在ncbi上做blast, 没有同源性片段. 在ViPR或ncbi的PASC上进行对比, 可以blast到一些序列, 但同源性很低, 无法判断是哪一科的病毒.

那么, 请问有没有比较全面的病毒生物信息网站呢? 谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢
AndGodsaid,Lettherebelight:andtherewaslight.
1楼 2018-11-02 12:21:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

147258sci

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

您好！我也有这个问题
能不能请教你一下，VIPR是什么数据库，具体怎么操作呢？百度了一下没有词条。
赞一下 回复此楼
2楼2018-12-21 17:10:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stfoxst

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 147258sci at 2018-12-21 17:10:17
您好！我也有这个问题
能不能请教你一下，VIPR是什么数据库，具体怎么操作呢？百度了一下没有词条。

好久没来了，刚看到。链接 https://www.viprbrc.org/brc/home.spg?decorator=vipr
赞一下 回复此楼
AndGodsaid,Lettherebelight:andtherewaslight.
3楼2019-06-13 16:35:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沉默的独角兽

金虫 (正式写手)
片段多大？

发自小木虫Android客户端
回复此楼
4楼2019-07-08 07:56:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stfoxst

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2019-07-08 07:56:21
片段多大？

200多bp, 因为使用rapd扩增的
赞一下(1人) 回复此楼
AndGodsaid,Lettherebelight:andtherewaslight.
5楼2022-02-06 13:41:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青霉素w

铜虫 (小有名气)
大概是什么方向的什么类型病毒？
赞一下 回复此楼
6楼2022-02-07 11:01:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhlgyy

木虫 (著名写手)

蒙塔基的钢蛋
先识别下ORF，可以把序列分区blast一下，某一段肯定和其他序列同源性比较高。可能是重组病毒
赞一下 回复此楼
7楼2022-07-19 10:44:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Timing_Pos 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] 同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？ +4 tianxiaoxian 2026-09-28 7/350 2026-09-30 08:34 by 88817753
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！ +8 zju2000 2026-09-26 11/550 2026-09-30 08:04 by xli1984
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:54 by yCO1Ll7aHtsw
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:37 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:30 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:03 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:46 by etmYJ6d2rquH
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 4/200 2026-09-29 15:15 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:58 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:41 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:30 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:24 by etmYJ6d2rquH
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:13 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 7/350 2026-09-29 14:07 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-29 13:56 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-29 13:50 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭