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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物化学 » 分子对接
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Yun XMQ

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接 已有3人参与

请教一下谁知道在进行分子对接时怎样对配体分子进行处理呢？处理依据是什么呢？

@lifeliuyan 发自小木虫Android客户端
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1楼 2018-10-29 19:58:24
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sun蔚蓝

新虫 (著名写手)
有一步prepare liagand这一步吧

发自小木虫Android客户端
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2楼2018-10-29 20:31:46
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不同软件处理方式不同
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3楼2018-10-30 01:11:27
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

用autodock处理的话，需要先在chemidraw处理成mol2格式，然后在mgltools里面加氢计算电荷等，保存成pdbqt
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4楼2018-10-30 01:13:07
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

推挤你用殷赋云计算平台，画个2D结构式就可以了，平台会自动处理配体，生成优化好的3D结构。
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5楼2019-03-25 12:12:43
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

只要确保配体分子是良好的3D结构就行了。可以百度搜索【小工具教程 准备化合物结构】，用它处理下。
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6楼2021-12-29 11:52:38
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