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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » vmd中如何根据dump文件计算的数字（CNA）为原子指定颜色？
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北风吹啊

铁虫 (小有名气)

[求助] vmd中如何根据dump文件计算的数字（CNA）为原子指定颜色？

vmd中如何根据dump文件计算的数字为原子指定颜色？
其实我是用lammps计算了CNA，可以看出每个原子分别处在什么什么晶体结构中（局部的晶体结构）。cna为1，表示fcc，2为hcp等等。
dump文件有id type x y z c_cna。
希望根据cna对原子进行颜色标记。

@smutao 发自小木虫Android客户端
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1楼 2018-10-26 21:29:19
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Demon---

铁杆木虫 (正式写手)
可以将cna用不同原子type来表示

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持古之道，以御今之有
2楼2018-10-26 23:42:44
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北风吹啊

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Demon--- at 2018-10-26 23:42:44
可以将cna用不同原子type来表示

你的意思是说把type的那一列数据换成cna吗？在dump里输出id cna x y z。然后在输出文件中得把cna改成type，让vmd读取。

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3楼2018-10-27 09:42:02
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Demon---

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 北风吹啊 at 2018-10-27 09:42:02
你的意思是说把type的那一列数据换成cna吗？在dump里输出id cna x y z。然后在输出文件中得把cna改成type，让vmd读取。
...

是的

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持古之道，以御今之有
4楼2018-10-27 11:49:21
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Demon---

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 北风吹啊 at 2018-10-27 09:42:02
你的意思是说把type的那一列数据换成cna吗？在dump里输出id cna x y z。然后在输出文件中得把cna改成type，让vmd读取。
...

最好将不同cna，按照不同元素type来表示，例如C,H,O,

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持古之道，以御今之有
5楼2018-10-27 11:50:57
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北风吹啊

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Demon--- at 2018-10-27 11:50:57
最好将不同cna，按照不同元素type来表示，例如C,H,O,
...

假如3种元素，4个cna的值，我自己重新编号，最多要用12种颜色表示了

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6楼2018-10-27 12:04:19
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北风吹啊

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Demon--- at 2018-10-27 11:50:57
最好将不同cna，按照不同元素type来表示，例如C,H,O,
...

好像要编程处理文本，请问在lammps可以直接实现输出吗？

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7楼2018-10-27 12:09:07
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木梓华

银虫 (小有名气)
CNA 指的是什么啊，小白求教
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8楼2018-11-30 10:55:25
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