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北风吹啊

铁虫 (小有名气)

[求助] vmd中如何根据dump文件计算的数字(CNA)为原子指定颜色?

vmd中如何根据dump文件计算的数字为原子指定颜色?
其实我是用lammps计算了CNA,可以看出每个原子分别处在什么什么晶体结构中(局部的晶体结构)。cna为1,表示fcc,2为hcp等等。
dump文件有id type x y z c_cna。
希望根据cna对原子进行颜色标记。

@smutao 发自小木虫Android客户端
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Demon---

铁杆木虫 (正式写手)

可以将cna用不同原子type来表示

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持古之道,以御今之有
2楼2018-10-26 23:42:44
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北风吹啊

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Demon--- at 2018-10-26 23:42:44
可以将cna用不同原子type来表示

你的意思是说把type的那一列数据换成cna吗?在dump里输出id cna x y z。然后在输出文件中得把cna改成type,让vmd读取。

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3楼2018-10-27 09:42:02
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Demon---

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 北风吹啊 at 2018-10-27 09:42:02
你的意思是说把type的那一列数据换成cna吗?在dump里输出id cna x y z。然后在输出文件中得把cna改成type,让vmd读取。
...

是的

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持古之道,以御今之有
4楼2018-10-27 11:49:21
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Demon---

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 北风吹啊 at 2018-10-27 09:42:02
你的意思是说把type的那一列数据换成cna吗?在dump里输出id cna x y z。然后在输出文件中得把cna改成type,让vmd读取。
...

最好将不同cna,按照不同元素type来表示,例如C,H,O,

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持古之道,以御今之有
5楼2018-10-27 11:50:57
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北风吹啊

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Demon--- at 2018-10-27 11:50:57
最好将不同cna,按照不同元素type来表示,例如C,H,O,
...

假如3种元素,4个cna的值,我自己重新编号,最多要用12种颜色表示了

发自小木虫Android客户端
6楼2018-10-27 12:04:19
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北风吹啊

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Demon--- at 2018-10-27 11:50:57
最好将不同cna,按照不同元素type来表示,例如C,H,O,
...

好像要编程处理文本,请问在lammps可以直接实现输出吗?

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7楼2018-10-27 12:09:07
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木梓华

银虫 (小有名气)

CNA 指的是什么啊,小白求教
8楼2018-11-30 10:55:25
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