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眼泪和花生

铁虫 (小有名气)

问题解决了,只说明一下刘老师给的试用版的例子,把单个文件夹(金刚石(100)拉伸为例)上传以后,把input.dat文件里面的mpirun 后面的vasp执行文件改成你编译的vasp执行文件名,其他的不用变,再输入chmod a+x strength.py转换为python执行文件,运行 ./stength.py,看到有vasp运行的log出来就可以了
为何在雨伞外独行
11楼2018-10-06 10:39:37
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眼泪和花生

铁虫 (小有名气)

用上面的方法提交的python只能在shell连接的情况下运行,用下面的方法提交python脚本可以实现linux 下后台运行python脚本,这样你的破机子就可以关着机运行脚本了(详情https://www.cnblogs.com/master-pokemon/p/5790783.html

$ nohup python -u test.py > out.log 2>&1 &
为何在雨伞外独行
12楼2018-10-19 23:02:40
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muanipo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 眼泪和花生 at 2018-10-19 23:02:40
用上面的方法提交的python只能在shell连接的情况下运行,用下面的方法提交python脚本可以实现linux 下后台运行python脚本,这样你的破机子就可以关着机运行脚本了(详情https://www.cnblogs.com/master-pokemon/p/5 ...

您好,我按照您的方法运行strength.py,但还是只进行常规弛豫,再运行一次strength.py就生成了一系列以数字命名的文件夹,里面的POSCAR都是一样的,这个该怎么解决啊?
13楼2018-10-29 17:44:36
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眼泪和花生

铁虫 (小有名气)

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13楼: Originally posted by muanipo at 2018-10-29 17:44:36
您好,我按照您的方法运行strength.py,但还是只进行常规弛豫,再运行一次strength.py就生成了一系列以数字命名的文件夹,里面的POSCAR都是一样的,这个该怎么解决啊?...

你的input.dat文件是不是没改?
为何在雨伞外独行
14楼2018-11-01 12:49:55
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眼泪和花生

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by muanipo at 2018-10-29 17:44:36
您好,我按照您的方法运行strength.py,但还是只进行常规弛豫,再运行一次strength.py就生成了一系列以数字命名的文件夹,里面的POSCAR都是一样的,这个该怎么解决啊?...

你的input.dat文件是不是没改?
为何在雨伞外独行
15楼2018-11-01 19:47:40
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muanipo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
15楼: Originally posted by 眼泪和花生 at 2018-11-01 19:47:40
你的input.dat文件是不是没改?...

非常感谢能回复,我改了input.dat,前面的应变和角度都改了,最后一行换成提交任务到集群上的脚本的命令,结果就是常规弛豫,再运行一次就出现一系列POSCAR一模一样的文件夹
16楼2018-11-02 17:56:24
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眼泪和花生

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by muanipo at 2018-11-02 17:56:24
非常感谢能回复,我改了input.dat,前面的应变和角度都改了,最后一行换成提交任务到集群上的脚本的命令,结果就是常规弛豫,再运行一次就出现一系列POSCAR一模一样的文件夹...

你最后一行的vasp执行文件是你编译以后的那个文件吗?

发自小木虫Android客户端
为何在雨伞外独行
17楼2018-11-04 19:47:26
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muanipo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
17楼: Originally posted by 眼泪和花生 at 2018-11-04 19:47:26
你最后一行的vasp执行文件是你编译以后的那个文件吗?
...

是的,先编译了vasp,vasp运行没有问题,的确可以只优化yz方向,修改input.dat,运行脚本结果就是之前的情况了。
18楼2018-11-05 09:05:46
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a3302178

新虫 (初入文坛)

你好,能问一下怎么修改VASP编译才能用这个脚本吗?
19楼2018-11-05 11:37:29
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眼泪和花生

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
19楼: Originally posted by a3302178 at 2018-11-05 11:37:29
你好,能问一下怎么修改VASP编译才能用这个脚本吗?

https://sourceforge.net/p/ideal- ... ode/ci/master/tree/ 有中文教程
为何在雨伞外独行
20楼2018-11-07 11:04:31
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