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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » 兼并引物测序结果分析
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好好好菇凉

新虫 (初入文坛)

[交流] 兼并引物测序结果分析 已有1人参与

想要测定一个酶基因的表达量，但不知道序列。所以利用相近物种的保守序列设计了简并引物，pcr扩增后送测序。测序结果回来约300bp，在NCBI里比对发现与相近物种相似性达97%。但是测序得到的这段序列没有包含该基因的特征标签序列。只依靠Blsat比对能说明测序结果就是目的基因的一部分序列吗？接下来想测该基因的表达量，能直接用测序序列直接做吗？求大神指导!!!
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1楼 2018-09-27 11:08:48
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xuweitao

铁杆木虫 (著名写手)
★
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只要确定是同一基因，应该可以。
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2楼2018-09-27 11:16:07
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好好好菇凉

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xuweitao at 2018-09-27 11:16:07
只要确定是同一基因，应该可以。

比对出来是跟相近物种这一基因相似度超高，目前就是不知道仅靠相似度比对能不能确定是同一个基因，还是必须得扩出来标签序列才能说明是同一基因？对分子方面实验不了解，拿不定主意。
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3楼2018-09-27 13:35:53
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xuweitao

铁杆木虫 (著名写手)
★
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那应该就是了。想办法扩个全长测序以防万一。

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4楼2018-09-27 16:38:55
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