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EST的使用问题
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| 本人现在在研究一种菌的基因，需要构建一个载体，但发现该菌的基因序列并不十分清楚，仅有一个est数据库。那如果我需要设计某个基因的引物啊什么的时候，请问我该如何利用这个est数据库？知道的请帮忙解答下，谢谢。。。。 |
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sutao1979
木虫 (著名写手)
小木虫10年groupleader
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- 性别: GG
- 专业: 植物分类学
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EST就是表达序列标签Expressed Sequence Tag的意思，一般是通过mRNA反转录之后生成的cDNA后，克隆出来的，如果你要扩增未知序列的话，一定要注意，EST则是cDNA的一个片段，一般长200-400个核苷酸对。一个全长的cDNA分子可以有许多个EST，但特定的EST有时可以代表某个特定的cDNA分子。两端有重叠的共有序列的EST可以组装成一个叠连群(contig),直到装配成全长的cDNA序列，这样就等于是克隆了一个基因的编码序列，所以，你要注意的就是根据EST设计引物pcr之后有可能不是你要的整个基因。 [ Last edited by sutao1979 on 2009-4-8 at 16:32 ] |
2楼2009-04-08 16:26:47