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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】有高手帮忙分析一下这个分子的可能靶标么？
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后皇嘉树

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xpyp at 2009-4-8 12:19:
治啥病的药物???

还不确定，只是一个化合物，看有没有什么靶点可以预测，
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看花开花落，心依旧。
11楼2009-04-08 12:54:54
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xpyp

木虫 (小有名气)
有啥活性呢？
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12楼2009-04-08 13:05:22
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后皇嘉树

金虫 (正式写手)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 4-9 07:47
引用回帖:
Originally posted by xpyp at 2009-4-8 13:05:
有啥活性呢？

在心脑血管方面貌似报道有活性
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看花开花落，心依旧。
13楼2009-04-08 13:09:44
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popelrain

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 4-9 07:47
后皇嘉树(金币+5,VIP+0):谢谢！ 4-9 09:34
给你介绍一个新东东，TarFisDock（反向对接），就是知道抑制剂筛靶点，http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/webjob/submit_job.php
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14楼2009-04-09 03:48:41
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后皇嘉树

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by popelrain at 2009-4-9 03:48:
给你介绍一个新东东，TarFisDock（反向对接），就是知道抑制剂筛靶点，http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/webjob/submit_job.php

好像要MOL2 file格式的，能麻烦你帮把此化合物转化成这个格式么，不胜感激！
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看花开花落，心依旧。
15楼2009-04-09 09:36:38
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
后皇嘉树(金币+5,VIP+0):谢谢指点！ 4-9 13:17
xuefei06(金币+3,VIP+0):thanks！ 4-10 23:33
引用回帖:
Originally posted by 后皇嘉树 at 2009-4-9 09:36:

好像要MOL2 file格式的，能麻烦你帮把此化合物转化成这个格式么，不胜感激！

Babel和Sybyl不都能干这个么？

逆向分子对接，也就是有个分子不知道干什么用，扔到数据库里，看看谁认识它。
简称：肉包子打狗法。
这种分子最倒霉的，你知道是什么么？
是把肉包子扔到羊群里，羊没吃，可狼来了（自己想象小沈阳的发音和表情）
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16楼2009-04-09 09:51:28
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后皇嘉树

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-4-9 09:51:


Babel和Sybyl不都能干这个么？

逆向分子对接，也就是有个分子不知道干什么用，扔到数据库里，看看谁认识它。
简称：肉包子打狗法。
这种分子最倒霉的，你知道是什么么？
是把肉包子扔到羊群里，羊没吃， ...

初次接触此领域，请问羊和狼是指？
我这个分子要怎么分析才合适呢？
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看花开花落，心依旧。
17楼2009-04-09 13:25:56
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ylj1089

铁杆木虫 (著名写手)
老汉的意思是上海药物所开发的那个软件，逆向分子对接准确性不高，Babel和Sybyl可以针对你的分子进行筛选，准确性更好。不知道自己理解老汉的意思对不对，自己也学习了。
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18楼2009-04-09 15:14:14
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks！ 4-10 23:33
引用回帖:
Originally posted by ylj1089 at 2009-4-9 15:14:
老汉的意思是上海药物所开发的那个软件，逆向分子对接准确性不高，Babel和Sybyl可以针对你的分子进行筛选，准确性更好。不知道自己理解老汉的意思对不对，自己也学习了。

你的理解是错误的，不要误导别人。
他的意思是说，用babel 和sybyl可以生成mol2格式的文件。
剩下的意思是说，有可能找到的靶标，不是真正的小分子的靶标。因为，小分子可能和靶标库中其它的大分子也有作用。
这个问题，我觉得存在，但目前用计算的方法不能很好的解决。唯一可以确定的，就是做分子水平的实验。
计算模拟，目前的阶段还只能预测和解释。
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19楼2009-04-09 16:27:23
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
引用回帖:
Originally posted by nkyx at 2009-4-9 16:27:
你的理解是错误的，不要误导别人。
他的意思是说，用babel 和sybyl可以生成mol2格式的文件。
剩下的意思是说，有可能找到的靶标，不是真正的小分子的靶标。因为，小分子可能和靶标库中其它的大分子也有作用 ...

对头。

无代沟之通畅交流
难于蜀道成昆铁路

小分子问茫茫标海
哪个才是俺的港湾

沟沟岔岔海市蜃楼
亲水亲脂还是渗漏

蛋白结构如此复杂
安身立命几成梦想
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20楼2009-04-09 18:08:29
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