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【讨论】由过渡态跑IRC找到的定点问题
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开始用gaussian计算过渡态半年了，遇到了问题，恳请大家帮忙。 以前计算过渡态的时候，对反应物进行优化，相互成键的两个原子，在空间位置上是是对应的。或者在两个分子之间要转移的原子，在空间位置上是处在两个原子（断键和成键相对应的）之间的。 最近在算一个反应路径，发现找得过渡态虚频的振动频率正确，IRC计算也正常。在IRC跑出来的“山坡”上取点，进行优化，发现得到的稳定点结构发现，参与成键所对应的原子之间的距离比较远，并且并不处在空间有利的位置。 请问诸位有没有遇到这样的问题？怎么会出现这样的情况？ 由于反应路径第一个定点的结构非常的关键（要设为整条路径的零点），他直接关系到能垒的高低。 现在路径上过渡态，中间体和产物都找到了，就这个初始的反应物点没有找到，并且怎么尝试怎么得到差不多的结果（成键所对应的原子空间上较远），比较着急，请高手帮忙！ [ Last edited by majun04 on 2009-4-6 at 15:30 ] |
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yuhuobuku(金币+4,VIP+0):看看说明书 4-8 09:05
yuhuobuku(金币+0,VIP+0):附言写错了，不好意思。欢迎再来讨论 4-8 09:06
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对于你说的体系不是了解。说点自己的看法。 一般来说，如果反应物和产物的能量高低差不多的话，过度态结构会基本处于平均结构，也就是成健与断键之间，而且过度态的结构更偏向于能量高的一侧的结构。对于有多个键断裂的反应，你可以查阅一下‘协同不同步’这个概念，这个词汇描述一些状态：虽然反应一步完成，但是断键存在先后顺序，有的键可能就处于你说的状态。 另外，新形成的键与断裂的键的强度对比也会导致你说的那个现象。 比较好的判别方法：频率 IRC没问题了，再看看反应焓和吉布斯自由能，如果这两个参数表明过度态确实能量最高，就ok了。如果不符的话，再交流吧。 |
2楼2009-04-07 11:48:18
3楼2009-04-07 14:58:26