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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS模拟中盒子大小如何选择
汕头大学海洋科学接受调剂
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liuliyanatqx

金虫 (著名写手)

[求助] LAMMPS模拟中盒子大小如何选择 已有1人参与

请教大家在用Lammps模拟时，选用的盒子大小尺寸怎么决定？有相关的文献吗？拜求大神帮助。
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1楼 2018-09-07 18:55:43
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liuliyanatqx: 金币+5, ★★★很有帮助 2018-09-07 21:21:00
多学点基础再做模拟。

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2楼2018-09-07 20:30:40
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liuliyanatqx

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2018-09-07 20:30:40
多学点基础再做模拟。

能推荐些书吗？谢谢！
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3楼2018-09-07 21:20:49
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuliyanatqx at 2018-09-07 21:20:49
能推荐些书吗？谢谢！...

不用我推荐，把这个论坛有的MD模拟书都下载下来，自己比较、阅读。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2018-09-07 22:39:31
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liuliyanatqx

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by brucefan at 2018-09-07 22:39:31
不用我推荐，把这个论坛有的MD模拟书都下载下来，自己比较、阅读。
...

我也看了不少文献，都没有明确说明盒子的尺寸问题
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5楼2018-09-11 15:33:59
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuliyanatqx at 2018-09-11 15:33:59
我也看了不少文献，都没有明确说明盒子的尺寸问题...

你如果懂MD模拟就不会问这个问题。我大概说一下。在用周期边界条件时，一定要注意盒子大小要与周期边界匹配。至于如何匹配，你要是有固体物理基础或者有数学“常识”，那是不难懂的。这是基本的建模常识。如果盒子太小，可能让边界的原子靠得非常近或者重合。这个盒子只是你的初始盒子。如果你用NVT系综模拟，这个盒子就必须和你预期的密度或者压强对应。如果是用NPT系综模拟，那么一般是可以根据目标压强自动找到一个更合适的盒子大小的。如果我说的这些你听不懂，就是还不懂MD模拟的基础，需要学习。

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6楼2018-09-11 21:36:50
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花先森

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by brucefan at 2018-09-11 21:36:50
你如果懂MD模拟就不会问这个问题。我大概说一下。在用周期边界条件时，一定要注意盒子大小要与周期边界匹配。至于如何匹配，你要是有固体物理基础或者有数学“常识”，那是不难懂的。这是基本的建模常识。如果盒子 ...

你好，我可以问为一个问题吗，请问你们建立盒子一般是直接在ms中直接建好，还是后期在data文件中加入设置好呢？求解！！！
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7楼2018-12-27 09:39:07
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
如果你是问我，我的答案是自己编程搞定。一切自己编程。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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8楼2018-12-27 17:13:49
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