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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 软件使用与操作 » sybyl分子对接模块形成氢键
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如惠而至

新虫 (小有名气)

[求助] sybyl分子对接模块形成氢键 已有2人参与

sybyl分子对接模块形成氢键的时候有木有出现一个氢和两个氧原子分别形成氢键的情况，这种情况理论上应该不能形成的，我的好多都是这种情况，也不知道为啥。

@beefly 发自小木虫Android客户端
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1楼 2018-09-05 17:09:22
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扯不断

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

一方面，这是sybyl判断氢键的标准的问题；另一方面，应该这么理解：这个氢处在一个“尴尬的三角恋”位置，在真实世界里，它会交替地与两个氧原子形成氢键，而不是同时。欢迎关注我们的微信公众号（殷赋科技），了解更多关于分子对接计算与分析的内容。
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2楼2019-03-26 11:12:15
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

因为软件只是简单地根据距离和角度判断形成氢键的可能性，所以，这种情况是会出现的，你可以根据自己的知识做判断，去掉不应该出现的氢键就行了。顺便一提，建议楼主用DOCK 6做对接，百度搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】计算教程，用浏览器访问，不用安装软件。能分析八大经典相互作用（SYBYL远远达不到这么多），算完就出图出数据，非常方便。
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3楼2021-12-29 12:00:38
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