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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【讨论】[讨论]奇怪的解离吸附
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dazao

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】[讨论]奇怪的解离吸附

我在做CO在γ-U（0 0 1 ）面吸附的时候 CO垂直于表面 C原子在下 且是在中心位吸附 slab 3层 vacuum 12 埃   吸附完成后 CO解离 奇怪的是O原子跑到下一个周期supercell的下表面去了   
我把INCAR 和 POSCAR 贴给大家 K是5X5X1 PBE势
   
   ISTART = 0; ICHARG = 2
   ENCUT  = 370
   ISMEAR =  2  ; SIGMA = 0.26
   LREAL=FLASE
NELM=200
NSW=100
IBRION=1
EDIFFG=-0.05
IDIPOL=3
LDIPOL=TRUE
  NGX=44
  NGY=44
  NGZ=98

POSCAT
gama u (1 0 0) CO vert2
1
       6.850000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       6.850000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      15.425000000000001
1 1 12
s
d
     0.2500000000000000   0.2500000000000000   0.2617999911308289 T T T
     0.2500000000000000   0.2500000000000000   0.3359000086784363 T T T
     0.0000000000000000   0.0000000000000000  -0.0000000000000000 F F F
     0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.2241546518394000 T T T
     0.0000000000000000   0.4999999999999999  -0.0000000000000000 F F F
     0.0000000000000000   0.4999999999999999   0.2241546518394000 T T T
     0.4999999999999999   0.0000000000000000  -0.0000000000000000 F F F
     0.4999999999999999   0.0000000000000000   0.2241546518394000 T T T
     0.4999999999999999   0.5000000000000000   0.0000000000000000 F F F
     0.4999999999999999   0.5000000000000000   0.2241546518394000 T T T
     0.2500000000000000   0.2500000000000000   0.1120773259197000 F F F
     0.2500000000000000   0.7500000000000000   0.1120773259197000 F F F
     0.7500000000000000   0.2500000000000000   0.1120773259197000 F F F
     0.7500000000000000   0.7499999999999999   0.1120773259197000 F F F

弛豫后的CONTCAR


第一个是C原子 第二个是铀原子
弛豫后的CONTCAR
gama u (1 0 0) CO vert2                 
1.00000000000000000
     6.8499999999999996     .0000000000000000     .0000000000000000
      .0000000000000000    6.8499999999999996     .0000000000000000
      .0000000000000000     .0000000000000000   15.4250000000000007
   1   1  12
Selective dynamics
Direct
   .2500000000000000   .2500000000000000   .2662342893262475   T   T   T
   .2500000000000000   .2500000000000000   .9539376694716014   T   T   T
   .0000000000000000   .0000000000000000   .0000000000000000   F   F   F
   .0134388848036315   .0134388848036318   .2166569367679411   T   T   T
   .0000000000000000   .5000000000000000   .0000000000000000   F   F   F
   .0134388848036309   .4865611151963711   .2166569367679391   T   T   T
   .5000000000000000   .0000000000000000   .0000000000000000   F   F   F
   .4865611151963711   .0134388848036314   .2166569367679408   T   T   T
   .5000000000000000   .5000000000000000   .0000000000000000   F   F   F
   .4865611151963711   .4865611151963711   .2166569367679393   T   T   T
   .2500000000000000   .2500000000000000   .1120773259196994   F   F   F
   .2500000000000000   .7500000000000000   .1120773259196994   F   F   F
   .7500000000000000   .2500000000000000   .1120773259196994   F   F   F
   .7500000000000000   .7500000000000000   .1120773259196994   F   F   F

大家注意O的位置

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-23 at 19:50 ]
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1楼 2009-04-04 13:29:13
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):鼓励交流！ 4-5 16:55
多半是你初始结构不合理，检查一下你的初始结构中原子之间的距离是否合理，如果某个距离给的初始值太小，优化一下会散掉。
你也可查看一下优化过程，看看看是在哪一步C-O散掉的，前一步发生了什么事情，这样就知道什么原因了。
查一下C到表面的距离以及C-O键长。

[ Last edited by hakuna on 2009-4-4 at 19:35 ]
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2楼2009-04-04 19:32:20
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dazao

金虫 (正式写手)
我又看了一遍OUTCAR  发现中间过程有O嵌入U层中
师姐刚回来 我请教了 还没解决
大家还有什么解决办法没？

我现在把OC交换了位置 还在计算中
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3楼2009-04-06 09:33:57
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dazao

金虫 (正式写手)
★ ★
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 4-7 09:59
现在看可能是偶极修正位置对吸附分子造成了影响。
我没有设置偶极修正的位置（DIPOL缺省）缺省值应该是SUPERCELL的中心
这个位置又和初始O原子的位置很接近 弛豫过程中偶极修正的电场可能给氧原子强烈的作用
把真空层放大到20埃 就没有解离吸附了（为了节约时间K取1x1x1）
又做了个手动设置DIPOL的试验 还在等结果  出了结果告诉大家
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4楼2009-04-06 13:59:12
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天棚元帅

木虫 (著名写手)
对真空层厚度的选取不知道有没有一个比较令人信服的选择标准，或选择依据
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A man gets what he earns when he earns it.
5楼2009-04-07 03:10:15
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dazao

金虫 (正式写手)
★
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 4-7 09:58
引用回帖:
Originally posted by 天棚元帅 at 2009-4-7 03:10:
对真空层厚度的选取不知道有没有一个比较令人信服的选择标准，或选择依据

一般是看能量和功函数是否收敛吧
我的前辈跟我说12埃对于很多情形已经足够大了
我上边给的那个也是测试后发现12埃很好了 但是没想到会遇到偶极修正的干扰
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6楼2009-04-07 09:01:53
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perrin

铜虫 (初入文坛)
★
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 4-10 18:27
12A大多数情况下都行了，以前不少文章搞10A的
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7楼2009-04-10 02:06:20
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dazao

金虫 (正式写手)
我试着修改了偶极修正的位置到真空层中间 ，但是能量反而收敛不下来了
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8楼2009-04-10 08:32:11
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stractor

金虫 (著名写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢交流，欢迎常来 4-11 01:05
你用三层slab,而弛豫时只允许表面那一层动，觉得你的表面不合理，建议增加1-2层slab,而弛豫3-4层原子。你的O原子向上动了很多，对于U, 12A的真空层是否可以？

[ Last edited by stractor on 2009-4-10 at 23:12 ]
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9楼2009-04-10 23:08:55
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dazao

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by stractor at 2009-4-10 23:08:
你用三层slab,而弛豫时只允许表面那一层动，觉得你的表面不合理，建议增加1-2层slab,而弛豫3-4层原子。你的O原子向上动了很多，对于U, 12A的真空层是否可以？

[ Last edited by stractor on 2009-4-10 at 23: ...

12A完全可以没问题 测试过的
slab的取法是参照文献选的
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10楼2009-04-13 08:52:07
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