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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 单向测序，序列比对
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ycyznxb

新虫 (初入文坛)

[求助] 单向测序，序列比对 已有1人参与

克隆测序 载体pMD18-T,通用引物M13-47        AGGGTTTTCCCAGTCACG。
得到测序结果：
GGGCATCGCAGTGCAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACGATCTCTAGAGGATCCCCGGGTACCGAGCTCGAATTCGTAATC
ATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTA
AAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTG
TCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCT
CACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAG
AATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTG
GCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGG
ACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACC
TGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTT
CGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTC
CAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTG
CTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGAACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCA
GTTACCCTTCGGGAAAAGAGTTGGGTAGCTCTTGATCCGCAACAAACCACGCTGGGTAGCGGTTGATTTTTTTTGTTGCA
GCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAATGATCTCAGGAAGATTCGTTGAATCCTTTCTACGGGTCTGAACGCTCAATGGACGA
ACTACGATTAGGATTTTGGCTCATGCAGAATTATTC

直接blast好像不对，得到都是载体相关，又用vecsreen搜感觉也不太对，在这方面还是个小白，想请教一下怎么分析，以上面这个序列为例。
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1楼 2018-08-27 13:26:59
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Tc148

新虫 (初入文坛)
送测质粒确定有克隆片段插入么？有的话很容易比对到的

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2楼2018-08-27 14:43:05
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
drwhoknowss: 金币+1, 鼓励交流 2018-08-27 19:02:08
你分析的是对的，就是空载体
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3楼2018-08-27 14:45:32
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ycyznxb

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Tc148 at 2018-08-27 14:43:05
送测质粒确定有克隆片段插入么？有的话很容易比对到的

应该有吧，蓝白斑筛选，挑的单克隆子在含有amp的LB培养基中长出来了，送出去做的测序
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4楼2018-08-27 14:55:55
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Tc148

新虫 (初入文坛)
★
drwhoknowss: 金币+1, 鼓励交流 2018-08-27 19:01:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by ycyznxb at 2018-08-27 14:55:55
应该有吧，蓝白斑筛选，挑的单克隆子在含有amp的LB培养基中长出来了，送出去做的测序...

光蓝白斑和抗性是不保险的，最好是提质粒酶切分析。另外把你现在的测序结果和18t载体序列比对就能看出是不是空载体了

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5楼2018-08-27 15:07:37
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ycyznxb

新虫 (初入文坛)
好的，谢谢

发自小木虫Android客户端
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6楼2018-08-27 15:25:45
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