| 查看: 320 | 回复: 2 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
xwyan新虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】vasp 输入和输出文件的路径问题
|
||
|
在节点上并行vasp 计算 我用脚本提交作业 输入文件INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR 必须放在主目录/home/xwyan/下,vasp 才运行。 当输入文件放在脚本所在的工作目录(/home/xwyan/job-1/）时， vasp 找不到输入文件INCAR， 而且输出文件也都在主目录/home/xwyan/下， 这样很不方便 问题：??? 想让输入和输出文件都在当前工作目录下/home/xwyan/job-1/，用脚本提交作业时如何修改下面的脚本???? -------------------------- #!/bin/sh #$ -S /bin/sh #############script of calculation under SGE on ldplab############# export workdir=/home/xwyan/job-1/ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/share/apps/intel/mkl/10.0.1.014/lib/em64t:/share/apps/intel/fce/10.1.015/lib:/share/apps/openmpi/lib export OMP_NUM_THREADS=1 export MKL_NUM_THREADS=1 #$ -o /home/xwyan/job-1/ -j y -N CuCrO2 #$ -pe mpich 8 mpirun -np 8 /home/xwyan/job-1/vasp >outputfile ------------------------ 注：在/home/xwyan/job-1/直接提交作业（mpirun -np 8 ./vasp ）时，输入和输出文件就在当前目录下。 |
回复此楼» 猜你喜欢
求环氧树脂研发1名
已经有10人回复
-
280求调剂
已经有5人回复
-
什么是人一生最重要的？
已经有10人回复
-
面上可以超过30页吧？
已经有13人回复
-
网上报道青年教师午睡中猝死、熬夜猝死的越来越多，主要哪些原因引起的？
已经有10人回复
-
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？
已经有13人回复
-
版面费该交吗
已经有17人回复
-
【博士招生】太原理工大学2026化工博士
已经有8人回复
gavinliu7390
木虫 (著名写手)
叶落鹰飞
- 1ST强帖: 3
- 应助: 51 (初中生)
- 贵宾: 0.481
- 金币: 1564.7
- 散金: 2975
- 红花: 34
- 帖子: 1278
- 在线: 241.4小时
- 虫号: 675997
- 注册: 2008-12-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):多谢，欢迎常来交流 4-3 22:20
zdhlover(金币+2,VIP+0):多谢，欢迎常来交流 4-3 22:20
|
你为什么要这样做啊。 你直接可以把vasp copy到~/bin里 这样可以在INCAR的目录下写脚本就行。 或者在哪写脚本都行，只要指明路径就可以了。 例如： 把POTCAR POSCAR KPOINTS 都放在/home/xwyan/job-1/ #/bin/sh cd /home/xwyan/job-1/ for a in 0 10 20 do cat >INCAR< PRESSURE=$a ISIF=3 等等 EOF mpirun -np 8 vasp log cp OUTCAR OUTCAR_$a cp CONTCAR CONTCAR_$a cp CONTCAR POSCAR done exit |
2楼2009-04-03 19:34:40
xwyan
新虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 22.9
- 散金: 316
- 帖子: 452
- 在线: 115.8小时
- 虫号: 476891
- 注册: 2007-12-13
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2009-04-04 12:24:07