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xwyan新虫 (正式写手)
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【求助】vasp 输入和输出文件的路径问题
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在节点上并行vasp 计算 我用脚本提交作业 输入文件INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR 必须放在主目录/home/xwyan/下,vasp 才运行。 当输入文件放在脚本所在的工作目录(/home/xwyan/job-1/）时， vasp 找不到输入文件INCAR， 而且输出文件也都在主目录/home/xwyan/下， 这样很不方便 问题：??? 想让输入和输出文件都在当前工作目录下/home/xwyan/job-1/，用脚本提交作业时如何修改下面的脚本???? -------------------------- #!/bin/sh #$ -S /bin/sh #############script of calculation under SGE on ldplab############# export workdir=/home/xwyan/job-1/ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/share/apps/intel/mkl/10.0.1.014/lib/em64t:/share/apps/intel/fce/10.1.015/lib:/share/apps/openmpi/lib export OMP_NUM_THREADS=1 export MKL_NUM_THREADS=1 #$ -o /home/xwyan/job-1/ -j y -N CuCrO2 #$ -pe mpich 8 mpirun -np 8 /home/xwyan/job-1/vasp >outputfile ------------------------ 注：在/home/xwyan/job-1/直接提交作业（mpirun -np 8 ./vasp ）时，输入和输出文件就在当前目录下。 |
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gavinliu7390
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zdhlover(金币+2,VIP+0):多谢，欢迎常来交流 4-3 22:20
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你为什么要这样做啊。 你直接可以把vasp copy到~/bin里 这样可以在INCAR的目录下写脚本就行。 或者在哪写脚本都行，只要指明路径就可以了。 例如： 把POTCAR POSCAR KPOINTS 都放在/home/xwyan/job-1/ #/bin/sh cd /home/xwyan/job-1/ for a in 0 10 20 do cat >INCAR< PRESSURE=$a ISIF=3 等等 EOF mpirun -np 8 vasp log cp OUTCAR OUTCAR_$a cp CONTCAR CONTCAR_$a cp CONTCAR POSCAR done exit |
2楼2009-04-03 19:34:40
xwyan
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