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螺旋藻

木虫 (正式写手)

[求助] gaussian 来算两分子结合能,键长及氢键问题,谢谢!

用gaussian (B3LYP 6-31G )来算两分子间的结合能,△E 越小越好(-21.2kJ/mol)。

发现一个问题:两个不同分子的N-H 键长(1.05/1.048),优化后 变成 0.991/0.987 , 这是啥原因?不是应该变长吗

想看看是否形成氢键,请教如何看。如何量
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ABetaCare

捐助贵宾 (著名写手)

懂一点点弱相互作用分析的电脑小白、EQ贫困户、高SQ烧脑症、自然科学忠实信徒、日常CSI下饭族。
2楼2018-08-24 11:25:48
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螺旋藻

木虫 (正式写手)

mol 文件
3楼2018-08-24 11:34:35
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螺旋藻

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ABetaCare at 2018-08-24 11:25:48
图呢?

3-MIb, o-PD  是两个单分子,    3-MIb-o-PD 是结合物

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  • 附件 1 : 3MIb.mol
  • 2018-08-24 11:35:51, 1.85 K
  • 附件 2 : 3-MIb-o-PD.mol
  • 2018-08-24 11:35:51, 3.31 K
  • 附件 3 : o-PD.mol
  • 2018-08-24 11:35:51, 1.55 K
4楼2018-08-24 11:37:10
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ABetaCare

捐助贵宾 (著名写手)

什么方法基组 ?
我感觉你的结合的构形 是错误的
懂一点点弱相互作用分析的电脑小白、EQ贫困户、高SQ烧脑症、自然科学忠实信徒、日常CSI下饭族。
5楼2018-08-24 12:26:54
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ABetaCare

捐助贵宾 (著名写手)

看到的了你的基组和方法了
直白点说 你的计算就是闹着玩的 这样的级别根本就不能描述弱相互作用
懂一点点弱相互作用分析的电脑小白、EQ贫困户、高SQ烧脑症、自然科学忠实信徒、日常CSI下饭族。
6楼2018-08-24 12:30:28
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螺旋藻

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ABetaCare at 2018-08-24 12:30:28
看到的了你的基组和方法了
直白点说 你的计算就是闹着玩的 这样的级别根本就不能描述弱相互作用

感谢大佬,能否指点迷途。 因为看有文献比较不同单体同目标的作用,在实验前可以预先估算下那种单体合适  

是否结合能说明不了问题,还是解释讨论不对

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7楼2018-08-24 12:42:51
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ABetaCare

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 螺旋藻 at 2018-08-24 12:42:51
感谢大佬,能否指点迷途。 因为看有文献比较不同单体同目标的作用,在实验前可以预先估算下那种单体合适  

是否结合能说明不了问题,还是解释讨论不对...

b3lyp 6-31g这样的计算级别,根本就不能用来计算弱相互作用,算出来也是无用数据
懂一点点弱相互作用分析的电脑小白、EQ贫困户、高SQ烧脑症、自然科学忠实信徒、日常CSI下饭族。
8楼2018-08-24 12:52:44
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