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希望大佬们帮忙看一下这个invalid atom type in fix shake报错是为什么啊？ 已有1人参与
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在data文件中mass已经都定义出来了原子类型了： 804 atoms 734 bonds 1144 angles 1626 dihedrals 120 impropers 10 atom types 12 bond types 24 angle types 31 dihedral types 3 improper types -0.063168202 29.936831798 xlo xhi -1.070661042 28.929338958 ylo yhi -0.531017684 29.468982316 zlo zhi Masses 1 15.999400 # o* 2 1.007970 # h* 3 1.007970 # h 4 12.011150 # c2 5 12.011150 # c' 6 15.999400 # o' 7 14.006700 # n2 8 1.007970 # hn 9 12.011150 # c1 10 12.011150 # c3 但是in文件中group了水分子也就是type 1 2，为什么fix shake报错？ units real atom_style full boundary p p p #kspace_style pppm 1e-4 #Out of range , can't compute PPPM kspace_style ewald 1e-4 ########################################### pair_style lj/cut/coul/long 10.0 10.0 pair_modify mix arithmetic ########################################### bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style harmonic improper_style cvff read_data PAM.test thermo_style custom step fmax fnorm pe evdwl emol ecoul epair ebond eangle edihed elong thermo 100 group water type 1 2 group poly type 3 4 5 6 7 8 9 10 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes timestep 0.5 #1.0 min_style sd min_modify dmax 0.2 minimize 1.0e-5 1.0e-6 2000 10000 reset_timestep 0 compute mol poly chunk/atom molecule compute 1 poly com/chunk mol compute 2 poly gyration/chunk mol compute 3 poly msd/chunk mol fix ave1 poly ave/time 1 100 1000 c_1[1] c_1[2] c_1[3] c_2 c_3[1] c_3[2] c_3[3] c_3[4] file msdandgyra.data mode vector fix 1 all nve fix 2 all temp/berendsen 300.0 300.0 10.0 fix 3 water shake 0.0001 20 1000 t 12 报错是这样的： ERROR: Invalid atom type index for fix shake (../fix_shake.cpp:144) Last command: fix 3 water shake 0.0001 20 1000 t 12 求大佬帮忙看一下  |
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