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汕头大学海洋科学接受调剂
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新虫 (初入文坛)

[求助] 希望大佬们帮忙看一下这个invalid atom type in fix shake报错是为什么啊? 已有1人参与

在data文件中mass已经都定义出来了原子类型了:

    804 atoms
    734 bonds
   1144 angles
   1626 dihedrals
    120 impropers

  10 atom types
  12 bond types
  24 angle types
  31 dihedral types
   3 improper types

    -0.063168202    29.936831798 xlo xhi
    -1.070661042    28.929338958 ylo yhi
    -0.531017684    29.468982316 zlo zhi

Masses

   1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   1.007970 # h
   4  12.011150 # c2
   5  12.011150 # c'
   6  15.999400 # o'
   7  14.006700 # n2
   8   1.007970 # hn
   9  12.011150 # c1
  10  12.011150 # c3

但是in文件中group了水分子也就是type 1 2,为什么fix shake报错?
units           real
atom_style      full
boundary p p p
#kspace_style    pppm  1e-4          #Out of range , can't compute PPPM
kspace_style     ewald 1e-4         
###########################################
pair_style lj/cut/coul/long 10.0 10.0
pair_modify     mix arithmetic
###########################################
bond_style      harmonic
angle_style     harmonic
dihedral_style  harmonic
improper_style  cvff

read_data       PAM.test            

thermo_style    custom step fmax fnorm pe evdwl emol ecoul epair ebond eangle edihed elong
thermo 100

group           water     type 1 2
group           poly      type 3 4 5 6 7 8 9 10

neighbor        2.0 bin
neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

timestep        0.5          #1.0

min_style sd
min_modify dmax 0.2
minimize 1.0e-5 1.0e-6 2000 10000

reset_timestep 0

compute mol poly chunk/atom molecule
compute 1   poly com/chunk mol
compute 2   poly gyration/chunk mol
compute 3   poly msd/chunk mol  


fix     ave1  poly ave/time 1 100 1000  c_1[1] c_1[2] c_1[3] c_2  c_3[1] c_3[2]  c_3[3] c_3[4] file msdandgyra.data  mode vector


fix 1 all nve
fix 2 all temp/berendsen 300.0 300.0 10.0  
fix 3 water  shake  0.0001 20 1000 t 12
报错是这样的:
ERROR: Invalid atom type index for fix shake (../fix_shake.cpp:144)
Last command: fix 3 water  shake  0.0001 20 1000 t 12
求大佬帮忙看一下
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2楼2018-08-09 16:50:04
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