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daming_yj

铜虫 (小有名气)

[交流] qPCR大神看过来!

最近小白正在学习qPCR,由于之前会做qPCR的师姐们已经毕业了,所以在按照她们毕业论文里面的步骤进行模仿实验。
标准品质粒是找公司合成的,拿回来的序列也已经BLAST过了。质粒浓度200ng/ul,260/280=1.9,目测质粒是OK的。
然后梯度稀释,共8个梯度,每次稀释10倍。稀释过程就是5ul原液加入45ul超纯水中,先吹打40-50次,再涡旋30s,中间伴随着手指弹和离心。
最后就是25ul体系:12.5ul SYBR GREEN MIX;正反引物(0.2mM)各1ul;BSA 0.3ul;超纯水 9.2ul;DNA 1ul。程序也是按照之前师姐论文里面的设置的。
然而qPCR跑出来的结果就是质粒只有前几个浓度还有,后面几个Ct值过高检测不到。
请各位大神帮忙找下问题所在,多谢!

qPCR大神看过来!
微信图片_20180808104232.jpg


qPCR大神看过来!-1
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qPCR大神看过来!-2
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xeno116

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
每次稀释2倍 重做

看ct值,稀释4倍正合适,

发自小木虫Android客户端
2楼2018-08-08 11:19:53
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daming_yj

铜虫 (小有名气)

可是每次稀释两倍的话,如何保证我的样品浓度落在标曲的区域内呢?
3楼2018-08-08 11:30:34
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daming_yj

铜虫 (小有名气)

顶顶顶~在线等回复
4楼2018-08-08 11:50:26
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用户晓晓

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
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daming_yj: 金币+5 2018-08-08 14:47:30
1,要做标准曲线 首要考虑的是让你的不同浓度梯度的样本的CT值都落在一个合适的范围内(荧光定量的一般合适的CT值大概在15-30之间)。
2,“可是每次稀释两倍的话,如何保证我的样品浓度落在标曲的区域内呢?”这句话你考虑的是让稀释后的浓度落在你的标准曲线的浓度范围内,可是你现在不是在做标准曲线嘛,没有标准曲线之前哪里来的合适的浓度?

3,现在你做了10倍稀释了,但是没有看到你的CT值的数据。现在你已经可以根据你的CT值的数据大概判断一个CT只合适的浓度范围了(比如说原液 10被稀释样品 100倍稀释样品VT值都在30以下,那么就可以判断为合适的浓度大概在200-2)。下面就是根据这个合适的浓度重新设计浓度梯度,可以5倍稀释,也可以两倍稀释。


做标准曲线目的就是确定一个合适的浓度梯度范围,然后拿到计算公式。

祝试验顺利!
5楼2018-08-08 12:54:45
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daming_yj

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 用户晓晓 at 2018-08-08 12:54:45
1,要做标准曲线 首要考虑的是让你的不同浓度梯度的样本的CT值都落在一个合适的范围内(荧光定量的一般合适的CT值大概在15-30之间)。
2,“可是每次稀释两倍的话,如何保证我的样品浓度落在标曲的区域内呢?”这句 ...

非常感谢前辈的指点。但是我还是想知道我的问题出在哪里,就是我的Ct值为何上升的如此之快。是操作问题?还是质粒合成的不好?又或者是引物需要重新调整?感谢

发自小木虫IOS客户端
6楼2018-08-08 15:43:09
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sstylle

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by daming_yj at 2018-08-08 15:43:09
非常感谢前辈的指点。但是我还是想知道我的问题出在哪里,就是我的Ct值为何上升的如此之快。是操作问题?还是质粒合成的不好?又或者是引物需要重新调整?感谢
...

ct值上升快就是因为你稀释的倍数太大了,所以前辈让你调整稀释倍数

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2018-08-08 16:09:28
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daming_yj

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by sstylle at 2018-08-08 16:09:28
ct值上升快就是因为你稀释的倍数太大了,所以前辈让你调整稀释倍数...

嗯嗯嗯 明白了!
8楼2018-08-08 16:15:03
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lulixiong

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
分子生物学qPCR实验,移液吸头、8联管、96孔板选KIRGEN耗材,可以联系我3435156570,谢谢
9楼2018-08-13 11:42:21
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wq118899

禁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

10楼2018-08-22 11:16:47
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