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天地沙鸥金虫 (小有名气)
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关闭求助:双探针体系中心区域距离的确定
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请问双探针体系中心区域距离的确定有什么好的方法吗? 请各位高手指点!! 十分感谢! [ Last edited by 天地沙鸥 on 2009-12-3 at 13:04 ] |
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spur(金币+4,VIP+0):^_^ 3Q！！欢迎常来！ 4-2 23:04
天地沙鸥(金币+3,VIP+0):感谢帮助！ 4-5 09:52
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说明里面有讲过电极和中央区域是同种物质的定位法，比如碳纳米管，分开成两电极后，再输入一段同种碳纳米管，将电极的surface layer调整好，我一般设为1或3，奇数，将中央区域的碳管和电极的连接原子位置重合，即记下左电极的最靠近中央区域那层的一个碳原子坐标，将中间的碳管的连接原子，按右键，显示translate，输入电极上的原子坐标，使其重合，系统就会默认为一个原子，两者是相连的。 如果不是同种物质，那就需要知道两者的位置，充分利用好translate这个功能，建模会容易很多。 PS，我用的是2008.10的，以前是1.2，translate这个功能两个版本都有，但是一种结构分成两个电极的功能只有2008.10有 |
2楼2009-04-02 21:11:06
3楼2009-04-07 15:17:16
4楼2009-09-16 18:27:53
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+4,VIP+0):谢谢交流 9-17 21:08
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我觉得这个问题确实值得探讨。个人认为ATK这点是做的最不成功的。 首先，它自带的几何结构优化功能，非常差。我曾经试过用Gaussian最高精度优化出来的模型，十几个原子，放到ATK里，还需要将近一个多小时的运算（8核并行）； 其次，建立two-probe-system不可避免的就是界面问题，很多情况下，实验中无法得到最精确的原子排列位置。放到ATK里做几何优化，由于第一条原因，往往都不收敛。 综上，我个人的经验： 第一，就如2楼所说的，索性自己找几个特殊位置，算算能量，最小的就是最合理，稳定的； 第二，我最近在尝试的方法，把单边电极和分子链接起来，直接放到molecular结构里进行优化，这个时候可以固定边界原子。感觉这个方法还不错。 |
5楼2009-09-16 22:17:38