应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » pacbio三代测序
41/1返回列表
查看: 5635  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

袋鼠跳跳

新虫 (初入文坛)

[求助] pacbio三代测序 已有2人参与

病毒基因组测序、扩增子测序和细菌全基因组测序用pacbio三代测序有什么不同？
为什么扩增子测序片段要求只能是1-2k，而基因组这么长都能测呢？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2018-08-01 17:27:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贝瑞李斯涛

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
2楼2018-08-01 20:38:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小冀-: 金币+2, 鼓励回帖交流 2018-08-02 22:41:47
三代测序，基于的是特殊的扩增酶边扩增边测序的方式。每扩增一个碱基，会出现一个特征荧光信号，如此可以知晓上去的是哪种碱基吧。
我估计片段要求可能是目前的酶扩增效率有限，超出要求，错误率会增加。

基因组很长，需要内切酶切成小片段，造基因文库，然后加标签头，多重扩增后进行测序，大概是这样。但是三代的前处理可能有些差异，具体的需要咨询相关的平台。

最后，需要指出的是三代测序，目前还是实验性的，与前两代相比，贵，错误率很高。仍然需要其他测序方法进行验证。
赞一下 回复此楼
3楼2018-08-02 09:02:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
snoopytbw: 金币+3, 热心应助，鼓励 2018-08-03 08:38:16
这么理解也不太对吧，三代测序相比于前两代，最大的优势就是读长，可以测到10K甚至更长，基因组在测序的时候肯定是要打断的，不可能全场都测；至于你说的扩增子测序，一般测得是16S序列，并不是说只能是1-2K，是因为其总长就只有1.5K左右。关于pacbio三代测序，可以使用环形建库方式，这样能增加同一个片段的扩增次数，可以用于矫正生成一致性序列，错误率可以降到接近二代测序水平；不过三代目前数据分析流程不完善，而且价格比较贵
赞一下(1人) 回复此楼
···
4楼2018-08-02 22:45:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 袋鼠跳跳 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭