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袋鼠跳跳

新虫 (初入文坛)

[求助] pacbio三代测序 已有2人参与

病毒基因组测序、扩增子测序和细菌全基因组测序用pacbio三代测序有什么不同？
为什么扩增子测序片段要求只能是1-2k，而基因组这么长都能测呢？
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1楼 2018-08-01 17:27:11
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贝瑞李斯涛

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
2楼2018-08-01 20:38:19
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

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小冀-: 金币+2, 鼓励回帖交流 2018-08-02 22:41:47
三代测序，基于的是特殊的扩增酶边扩增边测序的方式。每扩增一个碱基，会出现一个特征荧光信号，如此可以知晓上去的是哪种碱基吧。
我估计片段要求可能是目前的酶扩增效率有限，超出要求，错误率会增加。

基因组很长，需要内切酶切成小片段，造基因文库，然后加标签头，多重扩增后进行测序，大概是这样。但是三代的前处理可能有些差异，具体的需要咨询相关的平台。

最后，需要指出的是三代测序，目前还是实验性的，与前两代相比，贵，错误率很高。仍然需要其他测序方法进行验证。
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3楼2018-08-02 09:02:31
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

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snoopytbw: 金币+3, 热心应助，鼓励 2018-08-03 08:38:16
这么理解也不太对吧，三代测序相比于前两代，最大的优势就是读长，可以测到10K甚至更长，基因组在测序的时候肯定是要打断的，不可能全场都测；至于你说的扩增子测序，一般测得是16S序列，并不是说只能是1-2K，是因为其总长就只有1.5K左右。关于pacbio三代测序，可以使用环形建库方式，这样能增加同一个片段的扩增次数，可以用于矫正生成一致性序列，错误率可以降到接近二代测序水平；不过三代目前数据分析流程不完善，而且价格比较贵
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···
4楼2018-08-02 22:45:45
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