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liujie5631

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子内坐标对称性

Exercise3。6  C60优化。记得在做练习时,报错,如是,在命令行中加NOSYM即可。因为体系默认在优化时保持对称性。由于所算体系对称性非常高,优化过程中结构稍有变化,对称性就被破坏。程序就认为不满足限制条件,计算终止。加NOSYM后,去掉对称性限制,允许结构的变化,所以可计算。
这是高斯练习中的一个例子,强调了对称性限制,我优化了产物和反应物,得到的内坐标
反应物是
C 3 B11 2 A10 1 D9 0
O 12 B12 3 A11 2 D10 0
N 12 B13 3 A12 2 D11 0
C 14 B14 12 A13 3 D12 0
S 15 B15 14 A14 12 D13 0
N 15 B16 14 A15 12 D14 0
B12=1.38                     
B13=1.4169                  
B14=1.39                     
B15=2.58968                  
B16=2.36356                  
B17=1.38                     
B18=1.39514
·······
产物是
C 3 B11 2 A10 1 D9 0
N 12 B12 3 A11 2 D10 0
C 13 B13 12 A12 3 D11 0
N 14 B14 13 A13 12 D12 0
H 15 B15 14 A14 13 D13 0
C 15 B16 14 A15 13 D14 0
B12=1.34                     
B13=1.18247                  
B14=1.45775                  
B15=1.39                     
B16=1.50848                  
B17=1.42                     
B18=1.39483
······
前后元素的排列顺序不一样是不是我要调整的,把反应物和产物的坐标元素顺序排成一样,然后才能使它保持对称性
谢谢
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forestwolf9291

木虫 (著名写手)


liujie5631(金币+1,VIP+0):xiexie 4-1 11:59
我做过过渡态的计算,好像不影响。我当时还调过,太麻烦,一不小心就错了。
引用回帖:
Originally posted by liujie5631 at 2009-3-30 14:41:
Exercise3。6  C60优化。记得在做练习时,报错,如是,在命令行中加NOSYM即可。因为体系默认在优化时保持对称性。由于所算体系对称性非常高,优化过程中结构稍有变化,对称性就被破坏。程序就认为不满足限制条件, ...

3楼2009-03-30 21:49:59
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)


jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论 3-30 21:38
不知道你的问题是什么意思.


另外,加nosymm应该是不检查对称性吧,计算过程中保持初始的分子点群(个人意见)
2楼2009-03-30 15:53:06
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