| 查看: 735 | 回复: 0 | |||
[交流]
MMPBSA.py计算报错:bad atom type:MN，如何处理
|
|
在用MMPBSA.py计算蛋白质和多肽的结合自由能，体系中含有3个锰离子，利用http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber获得其参数，在amber的leap获得了top文件，猜想可能是计算结合自由能时缺了锰离子参数，具体应该怎么做，多谢指教?。 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa-py.in -o mmpbsa.dat -do decomp.dat -sp ../avb3-np1_wat.prmtop -cp ../avb3-np1.prmtop -rp ../avb3.prmtop -lp ../np1.prmtop -y ../avb3-np1-water-10ns-500frames.mdcrd >process.log出现了如下报错： bad atom type: MN CalcError: /home/tim/amber12/bin/sander failed with prmtop ../avb3-np1.prmtop! Exiting. All files have been retained. 谢谢大家 发自小木虫Android客户端 |
回复此楼» 猜你喜欢
26申博推荐：南京航空航天大学国际前沿院光学方向招收博士生！
已经有1人回复
-
如何从铁电相到顺电相。
已经有1人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有256人回复
-
各位大佬，求一份最新Wien2k版本作为学习用途
已经有0人回复
-
南科大活性流体和软物质课题组诚招2027级博士、硕士研究生和博后
已经有38人回复
-
瑞典林雪平大学博士后招聘｜PEC Water Splitting 方向
已经有24人回复
-
PRB投稿，Acknowledgment sent to author状态十天了
已经有3人回复
-
PVA溶解
已经有1人回复
-
基金申请
已经有44人回复