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MMPBSA.py计算报错:bad atom type:MN，如何处理
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在用MMPBSA.py计算蛋白质和多肽的结合自由能，体系中含有3个锰离子，利用http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber获得其参数，在amber的leap获得了top文件，猜想可能是计算结合自由能时缺了锰离子参数，具体应该怎么做，多谢指教?。 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa-py.in -o mmpbsa.dat -do decomp.dat -sp ../avb3-np1_wat.prmtop -cp ../avb3-np1.prmtop -rp ../avb3.prmtop -lp ../np1.prmtop -y ../avb3-np1-water-10ns-500frames.mdcrd >process.log出现了如下报错： bad atom type: MN CalcError: /home/tim/amber12/bin/sander failed with prmtop ../avb3-np1.prmtop! Exiting. All files have been retained. 谢谢大家 发自小木虫Android客户端 |
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