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木棉和我

木虫 (职业作家)

[求助] 分子动力学中平衡构象的抽样处理(即时间平均),有没有便捷高效的方法?

各位虫友。文献中提到:“RDF和CN是可以直接通过MD模拟软件计算得出的,而想要更深入地了解体系的结构,必须对其中的每个原子进行统计分析。分析所需要的原始数据是平衡状态时所有原子所处的位置,为此,对每一组样品,在最后的平衡弛豫过程中截取了1000个平衡构象,提取每个构象中每个原子的位置坐标进行后续分析,最后再将1000组结果进行平均以满足统计的有效性和精确性。”例如针对O-Si-O键角分布,1000个平衡构象都要分别进行matlab处理,然后对结果进行平均,这样是否现实?有没有更好的操作办法?

[ Last edited by 木棉和我 on 2018-7-8 at 13:43 ]@smutao@oxox6085
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