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木棉和我木虫 (职业作家)
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[求助]
分子动力学中平衡构象的抽样处理(即时间平均)，有没有便捷高效的方法？
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各位虫友。文献中提到：“RDF和CN是可以直接通过MD模拟软件计算得出的，而想要更深入地了解体系的结构，必须对其中的每个原子进行统计分析。分析所需要的原始数据是平衡状态时所有原子所处的位置，为此，对每一组样品，在最后的平衡弛豫过程中截取了1000个平衡构象，提取每个构象中每个原子的位置坐标进行后续分析，最后再将1000组结果进行平均以满足统计的有效性和精确性。”例如针对O-Si-O键角分布，1000个平衡构象都要分别进行matlab处理，然后对结果进行平均，这样是否现实？有没有更好的操作办法？ [ Last edited by 木棉和我 on 2018-7-8 at 13:43 ]@smutao@oxox6085 |
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