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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » MOE分子对接
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Nancy.gao

铁虫 (初入文坛)

[求助] MOE分子对接 已有2人参与

请教各位大神，做小分子化合物与蛋白对接时，我的化合物进行“搜索构象”时，搜索了3个小时，一个构象都没出来，这说明了什么，换其他化合物时，几分钟构象就全出来了。

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1楼 2018-06-24 09:16:39
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hclwonder

新虫 (正式写手)
是搜索完成了没有结果，还是搜索没有完成？

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2楼2018-06-24 12:19:12
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Nancy.gao

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-06-24 12:19:12
是搜索完成了没有结果，还是搜索没有完成？

搜了3个多小时，我看还没出来构象，就直接close了，其它化合物基本几秒钟输出表单就有构象了。

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3楼2018-06-25 20:11:46
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Nancy.gao at 2018-06-25 20:11:46
搜了3个多小时，我看还没出来构象，就直接close了，其它化合物基本几秒钟输出表单就有构象了。
...

是不是这个分子特别大？

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4楼2018-06-25 20:53:49
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Nancy.gao

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2018-06-25 20:53:49
是不是这个分子特别大？
...

没有，甾体结构分子量300-400

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5楼2018-06-27 15:05:19
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luckboylys

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这个结构可能比较复杂，MOE得构象搜索算法无法产生
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前途一片迷茫，但心却已定向
6楼2018-06-28 14:52:52
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匿名

用户注销 (初入文坛)
本帖仅楼主可见
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7楼2018-07-01 09:15:20
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Real穗

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

检查分子结构是否出错，C-N键之类的是否有误
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8楼2018-07-02 10:57:27
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Nancy.gao

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chuanxi2 at 2018-07-01 09:15:20
大神，会做分子动力学么？

不会

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9楼2018-07-04 20:22:10
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Nancy.gao

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Real穗 at 2018-07-02 10:57:27
检查分子结构是否出错，C-N键之类的是否有误

嗯嗯，谢谢你，重新画了一遍结构，有两个很快就出构象了

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10楼2018-07-04 20:23:23
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