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启动子的预测 已有1人参与
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如题，想要找一个基因的启动子。我做的是miRNA的启动子预测，这个miRNA是位于CDS序列的，一般要向上游找多少bp会有启动子区域呢？ 还有一个问题，我看书上说的启动子都是在5'UTR区域之前的，有没有例外呢？我的这个基因的cds序列向上游找10000bp都没有看到5'UTR区域，那启动子是在更前面吗？有没有可能，启动子在5'utr后面呢？ 发自小木虫Android客户端 |
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用户晓晓
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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分析如下： “miRNA是位于CDS序列的”如果miRNA的宿主基因是一个编码基因，那么你就按照宿主基因的情况来分析就可以了。 “一般要向上游找多少bp会有启动子区域呢” 一般情况下选取5UTR上游2000bp作为启动子区域。一般一般一般情况！！！ “启动子都是在5'UTR区域之前的，有没有例外呢”意外可能是有的，有的一个启动子启动两个基因，下游序列也有调控上游基因转录表达的情况。但是不用考虑意外情况，，，，，，，，，， “我的这个基因的cds序列向上游找10000bp都没有看到5'UTR区域”兄弟，你告诉我你怎么“看到”5UTR的，这是什么功力？5UTRA的获得是一件很难的事情，因为一般完整的转录本5端是没有特殊标志的，RNA又容易降解，比较难获得转录本的全长。不同于3端，有polyA尾的保护，容易辨识。所以基因组注释中的基因的5UTRA通常都是不完整的，只是部分序列。3端序列有相当一部分是比较完整的。不明白你怎么说你看不到UTR这是什么意思。 “那启动子是在更前面吗” 在前面应该没有问题，问题是你通过基因组注释找到UTR之后，要使用DNA序列，在UTR前面截取2000bp来作为一个参考启动子。如果没有UTR那就截取CDS序列前面的2000bpDNA序列就OK 了。 祝试验顺利！ |
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2楼2018-06-14 13:39:26
送红花一朵 |
谢谢你的详细解答~我确实就是个小白新手，很多基础知识还很欠缺，所以提的问题可能很蠢  ，谢谢你的帮助~那个5'utr是在phytozome上面看的，有一些基因的5'utr是有标注出来的。 还想问一下，我用不同网站预测出来的启动子位置不同，该如何选择呢？有没有什么靠谱的取舍评判标准？或者有没有哪个网站是公认的比较权威的呢？谢谢啦~ 发自小木虫Android客户端 |
3楼2018-06-15 10:55:00