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生物小虫007

新虫 (小有名气)

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[交流] 细菌基因组测序“NCTC 3000”项目知多少？

英国著名的Wellcome Sanger研究所近日与Pacific Biosciences（PacBio）合作已完成了对英国公共卫生部国家标准菌库NCTC中 3,000多株细菌的基因组的测序工作，其中包括一些世界上最危险的细菌，如引起鼠疫、痢疾和霍乱的细菌。

What is the NCTC 3000 project?
   NCTC 3000项目为“Public Health England reference collections”项目工程的一个主要部分，计划通过PacBio SMRT测序技术完成英国公共卫生部国家标准菌库NCTC的3,000 株菌株的基因组测序。NCTC 3000这项合作项目始于2013年，旨在对建于1920年代的NCTC贮存的5500多种细菌中3000多株细菌进行全基因组测序。
NCTC是世界上最大的菌库之一，收集了多种临床相关致病菌株，包括著名的耐受多重抗生素的超级细菌—耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的样本。此外，NCTC还保藏了很多有历史意义的菌株，包括青霉素发现者Alexander Fleming存放的16株菌株，其中一个样本是从他的鼻子中获得的。还有一株是1915年从一战的士兵身上分离出来的引起痢疾的福氏志贺菌（Shigella flexneri）。 NCTC作为生物资源中心，为生物基础及临床研究提供已知种源地的菌株。此前，NCTC的大多数菌株都没有参考基因组，这严重制约了NCTC菌株在研究中的参考应用。而PacBio SMRT测序技术不仅可以得到长读长以及高准确率的序列，简化了细菌完成图的组装，而且，在测序中直接识别碱基修饰，在原始数据中获得细菌表观遗传的数据。这些优势让NCTC与PacBio达成NCTC 3000这项合作项目。
   Sanger研究所的Julian Parkhill表示：“NCTC的菌种保藏对于了解现在的病原体意义重大。准确地了解抗生素和疫苗引入之前和之后的细菌，并将它们与现在的菌株进行比较，将让我们了解它们如何应对治疗。反过来，这也帮助我们开发新型的抗生素和疫苗。”
在NCTC3000项目中，PHE负责提供3,000株菌株，PacBio负责菌株的测序工作，最后由Sanger组装注释这些菌株。目前已完成NCTC中 3,000多株细菌的基因组的测序工作，其中的2700多株细菌，超过56%的细菌株实现单个Contig组装，超过92%的细菌株实现少于5个Contig组装。
   需要相关信息的研究人员可以e-mail至tjbiochipmk@126.com，我们会第一时间处理。

目前天津生物芯片正在将NCTC3000项目中的细菌基因组数据逐步更新到我们的基础数据库，为广大科研工作者提供更完善的微生物基因注释数据。
NCTC3000项目，惠及了微生物基础领域及临床各方面研究，天津生物芯片特此借公司成立十五周年之际，回归本心，倾情推出“回馈微生物学研究，细菌基因组完成图 5000元”优惠活动，助力中国微生物研究让我们一起期待！！