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百合绘梦

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助成功】关于Amorphous Cell Tools

若欲计算某有机分子链在某晶体表面的吸附能。首先需要build layers,对吗?形成layers的这两部分,是否一定要晶格常数匹配?用Amorphous Cell Tools使有机分子链形成crystals时,如何避免分子溢出晶格外面?如果有机分子链的其中一部分溢出到晶格外面,是不是不影响计算?因为最后都是进行了周期性的边界条件的,对吗?

各位大虾,问题很基础,但我不会 非常感谢!

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 20:56 ]
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qasd

木虫 (著名写手)

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wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 3-26 20:35
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首先需要build layers
盒子平面大小要一致
溢出是视觉问题,不影响计算
2楼2009-03-26 14:34:48
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pumf

木虫 (正式写手)

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晶格参数一定要匹配,否则无法build layer.
溢出不影响。
是周期性边界条件
3楼2009-03-26 14:47:21
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