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枫叶之声

新虫 (初入文坛)

[交流] 分子对接 已有3人参与

请问一下各位大神几个关于outdock的问题：
1. 对接完后的结果怎么判断配体和受体之间的主要作用力，包括氢键、范德华力、疏水作用力、
静电相互作用！哪些力占主导？
2 .从小分子数据库下载2D结构后，直接从chemoffier转化成3D结构，并进行MM2能量最小化，然后保存为PDB文件。这样对接完后结果不显示配体，是啥原因啊！求各位大神讲解！

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1楼 2018-06-06 00:25:58
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超级小小龙

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
2楼2018-06-06 08:46:41
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塘沽特

新虫 (正式写手)
试试sdf格式呢

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3楼2018-06-06 10:38:38
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
是AutoDock吧。1、AutoDock的打分只是一个简单的数值，没法判断作用力比重。建议用UCSF Dock 6，采用Grid打分，可以知道范德华力和静电力贡献大小，再根据相互作用力类型，对应起来。推荐用殷赋云计算平台（百度搜索），非常好用。2、原因可能很多，不上传文件看看根本无法得知。还是建议用殷赋云计算平台，只需要画分子2D结构，对接前后工作都会智能处理。
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4楼2019-04-08 13:03:06
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这些问题，百度搜一下【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】和【小工具教程 ECD/UV拟合】就有明确答案了。
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5楼2021-11-18 16:07:00
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