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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

[求助] 构建真菌系统发育树的时候该如何选取合适的序列?

各位虫友,我之前用软件做个真菌系统发育树,想搞清它的分类学地位,在NCBI网站上选取的也是跟目的真菌ITS序列相近的排在前边的几个序列,所以做出来的系统发育树自展支持率太小,没办法解释,请问该如何选取合适的序列使自展值接近100或者比较大,选序列有什么依据吗?
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事在人为
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有所为4312

新虫 (小有名气)

同求同求,会建树,但是不知道相比较的序列怎么选,虫友解决了吗

发自小木虫Android客户端
2楼2018-06-11 09:39:27
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

引用回帖:
2楼: Originally posted by 有所为4312 at 2018-06-11 09:39:27
同求同求,会建树,但是不知道相比较的序列怎么选,虫友解决了吗

没,发了两个求助帖都没人回复,可能大神不屑于回答。
事在人为
3楼2018-06-12 08:26:49
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三堇琦

新虫 (初入文坛)

同求,麻烦请问虫友解决了吗?

发自小木虫Android客户端
4楼2018-07-10 10:30:00
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 三堇琦 at 2018-07-10 10:30:00
同求,麻烦请问虫友解决了吗?

5楼2018-07-11 09:05:33
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用户名太难起

新虫 (初入文坛)

我做的是细菌,跟楼主遇到的问题类似,选取blast前20的,结果我的序列与其他序列差异太大了,同求同求
6楼2018-07-11 11:12:47
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

引用回帖:
6楼: Originally posted by 用户名太难起 at 2018-07-11 11:12:47
我做的是细菌,跟楼主遇到的问题类似,选取blast前20的,结果我的序列与其他序列差异太大了,同求同求

可能高手不屑于回答。
事在人为
7楼2018-07-11 19:56:46
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花儿笑笑

新虫 (初入文坛)

哎,我也不会啊,真希望大佬们教一教
8楼2018-09-06 19:10:50
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

引用回帖:
8楼: Originally posted by 花儿笑笑 at 2018-09-06 19:10:50
哎,我也不会啊,真希望大佬们教一教

序列选择倒是可以根据亲缘关系由近及远的进行挑选。
事在人为
9楼2018-09-07 17:43:45
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花儿笑笑

新虫 (初入文坛)

10楼2018-09-07 20:09:09
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