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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 构建真菌系统发育树的时候该如何选取合适的序列？
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

[求助] 构建真菌系统发育树的时候该如何选取合适的序列？

各位虫友，我之前用软件做个真菌系统发育树，想搞清它的分类学地位，在NCBI网站上选取的也是跟目的真菌ITS序列相近的排在前边的几个序列，所以做出来的系统发育树自展支持率太小，没办法解释，请问该如何选取合适的序列使自展值接近100或者比较大，选序列有什么依据吗？
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事在人为
1楼 2018-06-01 14:52:30
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有所为4312

新虫 (小有名气)
同求同求，会建树，但是不知道相比较的序列怎么选，虫友解决了吗

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2楼2018-06-11 09:39:27
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知
引用回帖:
2楼: Originally posted by 有所为4312 at 2018-06-11 09:39:27
同求同求，会建树，但是不知道相比较的序列怎么选，虫友解决了吗

没，发了两个求助帖都没人回复，可能大神不屑于回答。
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事在人为
3楼2018-06-12 08:26:49
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三堇琦

新虫 (初入文坛)
同求，麻烦请问虫友解决了吗？

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4楼2018-07-10 10:30:00
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 三堇琦 at 2018-07-10 10:30:00
同求，麻烦请问虫友解决了吗？

5楼2018-07-11 09:05:33
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用户名太难起

新虫 (初入文坛)
我做的是细菌，跟楼主遇到的问题类似，选取blast前20的，结果我的序列与其他序列差异太大了，同求同求
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6楼2018-07-11 11:12:47
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知
引用回帖:
6楼: Originally posted by 用户名太难起 at 2018-07-11 11:12:47
我做的是细菌，跟楼主遇到的问题类似，选取blast前20的，结果我的序列与其他序列差异太大了，同求同求

可能高手不屑于回答。
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事在人为
7楼2018-07-11 19:56:46
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花儿笑笑

新虫 (初入文坛)
哎，我也不会啊，真希望大佬们教一教
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8楼2018-09-06 19:10:50
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知
引用回帖:
8楼: Originally posted by 花儿笑笑 at 2018-09-06 19:10:50
哎，我也不会啊，真希望大佬们教一教

序列选择倒是可以根据亲缘关系由近及远的进行挑选。
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事在人为
9楼2018-09-07 17:43:45
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花儿笑笑

新虫 (初入文坛)
好的，谢谢

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10楼2018-09-07 20:09:09
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