24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1268  |  回复: 29
当前主题已经存档。

nyzhaoyin

新虫 (正式写手)

[交流] 【求助】计算过渡态(未解决,已放弃,谢谢大家!)

有两个结构A,B,现在已经优化好了,B能量稍高,我想计算一下A——》B之间的过渡态,但是过渡态的结构未知,输入文件怎么构建?最好详细一点,谢谢!



更新:混合基组算不下去  101错误  我是把混合基组放在最后的  前面都是符合输入文件的要求的  但是计算错误  不知道该怎么办?   谢谢!

尽管没有解决,但还是谢谢各位参与讨论!

[ Last edited by nyzhaoyin on 2009-4-6 at 15:07 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家


★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q! 3-25 00:05
可以猜测一个过渡太分子构型,然后,按照此法做:
%mem=6MW
%nproc=1
# hf/3-21g opt=(ef,ts) freq

Title Card Required

0 1
猜测过渡态分子描述
出现虚频说明过渡太找到!试试!若还不行我给你发个我的例子!
2楼2009-03-24 13:42:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nyzhaoyin

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 半支烟5591 at 2009-3-24 13:42:
可以猜测一个过渡太分子构型,然后,按照此法做:
%mem=6MW
%nproc=1
# hf/3-21g opt=(ef,ts) freq

Title Card Required

0 1
猜测过渡态分子描述
出现虚频说明过渡太找到!试试!若还不行我给你发个我 ...

这个过渡态初始构型不容易猜啊   A,B差别不是很大   初始构型确实想不到该怎么构造

输入文件该怎么搞?   你上面给我说的  好像没有A,B的结构啊  难道计算过渡态的时候在输入文件中不需要A,B吗?  

如果可以给我发个例子吧,谢谢!
3楼2009-03-24 14:10:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jenny0428

银虫 (小有名气)


xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 3-25 00:05
如果 A,B差别不是很大,直接猜测有困难,可以输入这两个分子的结构采取qst2的方法进行寻找 具体输入方法可参考高斯说明书
4楼2009-03-24 16:27:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nyzhaoyin

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by Jenny0428 at 2009-3-24 16:27:
如果 A,B差别不是很大,直接猜测有困难,可以输入这两个分子的结构采取qst2的方法进行寻找 具体输入方法可参考高斯说明书

好的  我先试试  不行了再来问
5楼2009-03-24 16:44:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nyzhaoyin

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by Jenny0428 at 2009-3-24 16:27:
如果 A,B差别不是很大,直接猜测有困难,可以输入这两个分子的结构采取qst2的方法进行寻找 具体输入方法可参考高斯说明书

身边这会没人 只能再来问了  看到说明书上这样写:

“#HF/6-31G(d,p) Opt=QST2

第一个标题部分

反应物的分子说明

第二个标题部分

产物的分子说明”

想问几个问题:
(1)分子说明应该包括电荷和自选多重度吧?
(2)两个标题部分是不是可以随便取名字,可以不一样吗?
(3)这个计算过程也会产生chk文件吧? 如果产生了,我想保留,是不是在输入文件的顶部加上”%chk=name.chk“就行了?   这个name可以与两个标题部分一样吗?
(4)还有就是,输出文件的名字?
(5)刚想起来,我用的是混合基组,基组说明是不是在最后列出?


谢谢!

[ Last edited by nyzhaoyin on 2009-3-24 at 18:09 ]
6楼2009-03-24 18:06:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家


★ ★ ★ ★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q! 3-25 00:06
csfn(金币+3,VIP+0):3q for your help 3-31 09:51
(1)分子说明应该包括电荷和自选多重度吧?是的
(2)两个标题部分是不是可以随便取名字,可以不一样吗?只要自己认得就可以机器不管那行的
(3)这个计算过程也会产生chk文件吧? 如果产生了,我想保留,是不是在输入文件的顶部加上”%chk=name.chk“就行了? 是的  这个name可以与两个标题部分一样吗?无所谓
(4)还有就是,输出文件的名字?一般是xx.out  unix下是xx.log  默认的与输入文件同名,但扩展名不一样!
(5)刚想起来,我用的是混合基组,基组说明是不是在最后列出?这个没用过不敢胡说!
7楼2009-03-24 18:41:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nyzhaoyin

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 半支烟5591 at 2009-3-24 18:41:
(1)分子说明应该包括电荷和自选多重度吧?是的
(2)两个标题部分是不是可以随便取名字,可以不一样吗?只要自己认得就可以机器不管那行的
(3)这个计算过程也会产生chk文件吧? 如果产生了,我想保留,是不 ...

谢谢  
8楼2009-03-24 18:55:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nyzhaoyin

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 半支烟5591 at 2009-3-24 18:41:
(1)分子说明应该包括电荷和自选多重度吧?是的
(2)两个标题部分是不是可以随便取名字,可以不一样吗?只要自己认得就可以机器不管那行的
(3)这个计算过程也会产生chk文件吧? 如果产生了,我想保留,是不 ...

  混合基组不行 不知道怎么办?   我是严格按照高斯里面的例子文件来弄输入文件的   混合基组不行  101错误
9楼2009-03-24 21:31:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家


★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-26 08:36
你还可以到上面的帖子,【求助】如何采用高斯计算某一分子一个键断裂过渡态能垒这里面看看,我在那粘了两个输入文件!
10楼2009-03-25 21:07:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nyzhaoyin 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 6/300 2026-04-19 13:00 by Aaron_zyn
[考研] 求调剂 +5 苦命人。。。 2026-04-18 6/300 2026-04-19 12:04 by 手机用户
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 291求调剂 +10 关忆北. 2026-04-14 10/500 2026-04-18 23:32 by 路病情
[考研] 320求调剂 +5 深郊akm 2026-04-17 5/250 2026-04-18 19:52 by 王珺璞
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考博] 申博/考博 +3 啃面包的小书虫 2026-04-17 4/200 2026-04-17 23:54 by 阳阳阳^_^
[考研] 化工学硕294分,求导师收留 +33 yzyzx 2026-04-12 37/1850 2026-04-17 23:00 by wunaiy88
[考研] 一志愿华中农业071010,320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +6 喽哈加油 2026-04-13 7/350 2026-04-16 14:31 by zhouxiaoyu
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 求调剂推荐 +8 小聂爱学习 2026-04-14 8/400 2026-04-16 07:22 by 学员JpLReM
[考研] 297,工科调剂? +10 河南农业大学-能 2026-04-14 10/500 2026-04-15 21:50 by noqvsozv
[考研] 一志愿A区211,22408 321求调剂 +6 随心所欲☆ 2026-04-15 7/350 2026-04-15 21:45 by lbsjt
[考研] 考研调剂 +13 长弓傲 2026-04-13 14/700 2026-04-14 14:44 by zs92450
[考研] 105500药学求调剂 +4 x_skys 2026-04-12 4/200 2026-04-14 13:37 by rndfc
[考研] 245求调剂 +6 冰糖橘?汽水 2026-04-13 10/500 2026-04-14 10:49 by jyl0317
[考研] 085600材料与化工349分求调剂 +16 李木子啊哈哈 2026-04-12 17/850 2026-04-14 09:11 by fenglj492
[考研] 302求调剂 +10 易!? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
信息提示
请填处理意见