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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】计算过渡态(未解决，已放弃，谢谢大家！)
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)

[交流] 【求助】计算过渡态(未解决，已放弃，谢谢大家！)

有两个结构A,B，现在已经优化好了，B能量稍高，我想计算一下A——》B之间的过渡态，但是过渡态的结构未知，输入文件怎么构建？最好详细一点，谢谢！



更新：混合基组算不下去  101错误  我是把混合基组放在最后的  前面都是符合输入文件的要求的  但是计算错误  不知道该怎么办？   谢谢！

尽管没有解决，但还是谢谢各位参与讨论！

[ Last edited by nyzhaoyin on 2009-4-6 at 15:07 ]
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1楼 2009-03-24 13:20:53
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半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q! 3-25 00:05
可以猜测一个过渡太分子构型，然后，按照此法做：
%mem=6MW
%nproc=1
# hf/3-21g opt=(ef,ts) freq

Title Card Required

0 1
猜测过渡态分子描述
出现虚频说明过渡太找到！试试！若还不行我给你发个我的例子！
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2楼2009-03-24 13:42:04
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 半支烟5591 at 2009-3-24 13:42:
可以猜测一个过渡太分子构型，然后，按照此法做：
%mem=6MW
%nproc=1
# hf/3-21g opt=(ef,ts) freq

Title Card Required

0 1
猜测过渡态分子描述
出现虚频说明过渡太找到！试试！若还不行我给你发个我 ...

这个过渡态初始构型不容易猜啊   A,B差别不是很大   初始构型确实想不到该怎么构造

输入文件该怎么搞？   你上面给我说的  好像没有A,B的结构啊  难道计算过渡态的时候在输入文件中不需要A,B吗？  

如果可以给我发个例子吧，谢谢！
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3楼2009-03-24 14:10:46
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Jenny0428

银虫 (小有名气)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 3-25 00:05
如果 A,B差别不是很大，直接猜测有困难，可以输入这两个分子的结构采取qst2的方法进行寻找 具体输入方法可参考高斯说明书
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4楼2009-03-24 16:27:03
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Jenny0428 at 2009-3-24 16:27:
如果 A,B差别不是很大，直接猜测有困难，可以输入这两个分子的结构采取qst2的方法进行寻找 具体输入方法可参考高斯说明书

好的  我先试试  不行了再来问
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5楼2009-03-24 16:44:31
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Jenny0428 at 2009-3-24 16:27:
如果 A,B差别不是很大，直接猜测有困难，可以输入这两个分子的结构采取qst2的方法进行寻找 具体输入方法可参考高斯说明书

身边这会没人 只能再来问了  看到说明书上这样写：

“#HF/6-31G(d,p) Opt=QST2

第一个标题部分

反应物的分子说明

第二个标题部分

产物的分子说明”

想问几个问题：
（1）分子说明应该包括电荷和自选多重度吧？
（2）两个标题部分是不是可以随便取名字，可以不一样吗？
（3）这个计算过程也会产生chk文件吧？ 如果产生了，我想保留，是不是在输入文件的顶部加上”%chk=name.chk“就行了？   这个name可以与两个标题部分一样吗？
（4）还有就是，输出文件的名字？
（5）刚想起来，我用的是混合基组，基组说明是不是在最后列出？


谢谢！

[ Last edited by nyzhaoyin on 2009-3-24 at 18:09 ]
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6楼2009-03-24 18:06:29
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半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家
★ ★ ★ ★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q! 3-25 00:06
csfn(金币+3,VIP+0):3q for your help 3-31 09:51
（1）分子说明应该包括电荷和自选多重度吧？是的
（2）两个标题部分是不是可以随便取名字，可以不一样吗？只要自己认得就可以机器不管那行的
（3）这个计算过程也会产生chk文件吧？ 如果产生了，我想保留，是不是在输入文件的顶部加上”%chk=name.chk“就行了？ 是的  这个name可以与两个标题部分一样吗？无所谓
（4）还有就是，输出文件的名字？一般是xx.out  unix下是xx.log  默认的与输入文件同名，但扩展名不一样！
（5）刚想起来，我用的是混合基组，基组说明是不是在最后列出？这个没用过不敢胡说！
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7楼2009-03-24 18:41:38
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 半支烟5591 at 2009-3-24 18:41:
（1）分子说明应该包括电荷和自选多重度吧？是的
（2）两个标题部分是不是可以随便取名字，可以不一样吗？只要自己认得就可以机器不管那行的
（3）这个计算过程也会产生chk文件吧？ 如果产生了，我想保留，是不 ...

谢谢  
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8楼2009-03-24 18:55:59
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 半支烟5591 at 2009-3-24 18:41:
（1）分子说明应该包括电荷和自选多重度吧？是的
（2）两个标题部分是不是可以随便取名字，可以不一样吗？只要自己认得就可以机器不管那行的
（3）这个计算过程也会产生chk文件吧？ 如果产生了，我想保留，是不 ...

  混合基组不行 不知道怎么办？   我是严格按照高斯里面的例子文件来弄输入文件的   混合基组不行  101错误
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9楼2009-03-24 21:31:14
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半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-26 08:36
你还可以到上面的帖子，【求助】如何采用高斯计算某一分子一个键断裂过渡态能垒这里面看看，我在那粘了两个输入文件！
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10楼2009-03-25 21:07:10
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