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lhf903

金虫 (正式写手)

[求助] 土壤微生物总DNA的16S rRNA扩增子测序KEGG功能预测结果解释

如题,做的样品是农田土壤微生物,分处理和对照两组样品;

提取土壤总DNA后,做了16S高通量测序,然后拿OTU Table做了群落功能预测(PICRUSt);

得到的结果用KEGG pathway (KO tier 2)展示,处理相对于对照:
氨基酸代谢(Amino acid metabolism, Metabolism of other amino acids)和外源物质降解、代谢(Xenobiotics biodegradation and metabolism)降低,
翻译(Translation)和转录(Transcription)上升。

不知道这样的结果,在环境样品研究中应该从什么角度去解释,主要是这几个功能本身的解释。

本人生物方面是外行,还请大牛帮助。
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q120465872

金虫 (小有名气)

你这太没头没脑了,怎么帮你呢?既不知道你做了什么处理,也不知道翻译转录上升的是什么

发自小木虫IOS客户端
赐予我力量,去改变我所能改变的;赐予我勇气,去接受我所不能改变的;并赐予我智慧,去分辨这两者。
2楼2018-06-08 22:52:50
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ray_chun

新虫 (小有名气)

你这针对的目标是啥呀?

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3楼2018-08-04 22:28:30
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by q120465872 at 2018-06-08 22:52:50
你这太没头没脑了,怎么帮你呢?既不知道你做了什么处理,也不知道翻译转录上升的是什么

问题已解决,谢谢
4楼2018-08-08 12:35:55
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ray_chun at 2018-08-04 22:28:30
你这针对的目标是啥呀?

问题已解决,谢谢
5楼2018-08-08 12:36:17
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wilber777

新虫 (初入文坛)

请问楼主,在线做PICRUST时,最后一步功能分类无法输出表格是什么原因呢?谢谢
6楼2018-10-07 17:03:02
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arbolita

新虫 (初入文坛)

楼主我也有类似的结果,想请教一下您最后是怎么解释的…

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7楼2018-10-31 13:58:18
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by arbolita at 2018-10-31 13:58:18
楼主我也有类似的结果,想请教一下您最后是怎么解释的…

过几天私信聊吧
8楼2018-10-31 16:51:21
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arbolita

新虫 (初入文坛)

9楼2018-11-01 11:41:39
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