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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 土壤微生物总DNA的16S rRNA扩增子测序KEGG功能预测结果解释
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lhf903

金虫 (正式写手)

[求助] 土壤微生物总DNA的16S rRNA扩增子测序KEGG功能预测结果解释

如题，做的样品是农田土壤微生物，分处理和对照两组样品；

提取土壤总DNA后，做了16S高通量测序，然后拿OTU Table做了群落功能预测（PICRUSt）；

得到的结果用KEGG pathway (KO tier 2)展示，处理相对于对照：
氨基酸代谢(Amino acid metabolism, Metabolism of other amino acids)和外源物质降解、代谢(Xenobiotics biodegradation and metabolism)降低，
翻译（Translation）和转录（Transcription）上升。

不知道这样的结果，在环境样品研究中应该从什么角度去解释，主要是这几个功能本身的解释。

本人生物方面是外行，还请大牛帮助。
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1楼 2018-05-09 21:45:52
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q120465872

金虫 (小有名气)
你这太没头没脑了，怎么帮你呢？既不知道你做了什么处理，也不知道翻译转录上升的是什么

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赐予我力量，去改变我所能改变的；赐予我勇气，去接受我所不能改变的；并赐予我智慧，去分辨这两者。
2楼2018-06-08 22:52:50
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ray_chun

新虫 (小有名气)
你这针对的目标是啥呀？

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3楼2018-08-04 22:28:30
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by q120465872 at 2018-06-08 22:52:50
你这太没头没脑了，怎么帮你呢？既不知道你做了什么处理，也不知道翻译转录上升的是什么

问题已解决，谢谢
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4楼2018-08-08 12:35:55
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ray_chun at 2018-08-04 22:28:30
你这针对的目标是啥呀？

问题已解决，谢谢
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5楼2018-08-08 12:36:17
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wilber777

新虫 (初入文坛)
请问楼主，在线做PICRUST时，最后一步功能分类无法输出表格是什么原因呢？谢谢
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6楼2018-10-07 17:03:02
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arbolita

新虫 (初入文坛)
楼主我也有类似的结果，想请教一下您最后是怎么解释的…

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7楼2018-10-31 13:58:18
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by arbolita at 2018-10-31 13:58:18
楼主我也有类似的结果，想请教一下您最后是怎么解释的…

过几天私信聊吧
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8楼2018-10-31 16:51:21
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arbolita

新虫 (初入文坛)
嗯，谢谢

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9楼2018-11-01 11:41:39
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