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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】flexX的如何准备配体分子

请教各位:我在有sybyl的flexX进行对接时,完全按照教程可以操作成功,但是教程是将从蛋白子pdb结构中提取出来的小分子作为配体的,但是我如果我用自己设计的小分子作为配体如何操作呢?
我是在“create the ligand structure”这一步在M2中read配体分子的,然后进行add hydrogens和minimize操作,但是进行到最后运算时提示:unable to find necessary files,请问是怎么回事?
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+3,VIP+0):thanks 3-24 07:48
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-24 09:39
先把自己的小分子加氢和优化好,保存为mol2格式。
然后再FlexX时,在定义receptor。
任何Docking, 都需要定义binding site。
2楼2009-03-23 09:05:37
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