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Merlintan

铁虫 (初入文坛)

[求助] 酵母单杂实验问题咨询已有1人参与

大家好。最近,我做了Y1H实验(我第一次做),有一些问题不是很清楚,如果你有任何经验,希望你能给我一些建议。首先十分感谢。
我使用了的是Clontech的Matchmaker Gold酵母单杂交系统。
以下是我的问题和担忧:
1. 我的基因A预测是转录因子B的靶基因(但可能性比较低,是在Athamap上预测的,但A和B是同一批遗传筛选出来的,导师认为如果能联系在一起就很好了)。然而,Athamap上提供了B的可能的结合位点(不同数据库有差异), 基因A也没有这个元件。所以我将基因A的整个启动子克隆到载体pAbAi中。不知道是否可行?

2. 我做了pGADT7-B载体,转化含有A启动子的酵母。但转化后酵母生长缓慢,克隆数量也很少,可能4-5天之后,才能看到一些小克隆。但我不认为这是转化和转化效率的问题,因为pGADT7的的空载转化到酵母中,它们生长正常且菌落数量相当好。 A的全长在酵母中有毒性或是什么原因?

3. 阳性对照pGADT7-p53转化的,也是生长缓慢并且克隆数也少。我们没有kit里的阳性对照,我自己克隆的pGADT7-p53, p53片段来自用于Y2H的pGBKT7-p53。我不知道这个片段是否适合Y1H。在Y1Hprotocol中没有关于p53的信息。

4。如果你从事拟南芥研究,你能推荐Y1H用于阿拉伯糖调控研究的阳性对照吗?

非常抱歉这是一个很长的问题。但我真的需要你的帮助。期待大家回复。谢谢。
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Merlintan

铁虫 (初入文坛)

第四个问题是失误,阿拉伯糖调控研究不用管!
2楼2018-05-03 15:54:48
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900586

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

针对第一个问题,通常我们认为B应该结合在A的启动子区域,但是有的转录调控部位不是在通常认为的启动子区域,而是在编码区中或者是在非编码区及末端。希望对你的分析有帮助,祝你试验顺利!
3楼2018-05-21 10:59:43
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Merlintan

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 900586 at 2018-05-21 10:59:43
针对第一个问题,通常我们认为B应该结合在A的启动子区域,但是有的转录调控部位不是在通常认为的启动子区域,而是在编码区中或者是在非编码区及末端。希望对你的分析有帮助,祝你试验顺利!

谢谢!即使我们的positive control也有些问题,暂时不知道什么问题。我们暂时不做了,换了其他的方法,结果还没出来。当然,要谢谢的建议。
4楼2018-05-23 21:30:13
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wanwen85

新虫 (初入文坛)

你好,我们也想做酵母单杂交实验。想材料互借,可以私聊不。qq 350055433

发自小木虫IOS客户端
5楼2018-05-25 12:29:28
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长村老宅

新虫 (初入文坛)

你把整个启动子克隆到单杂载体上肯定不行,他这个系统你bait越长非特异结合越多,AbA抑制不住
6楼2018-09-25 15:41:19
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Misscindy

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 长村老宅 at 2018-09-25 15:41:19
你把整个启动子克隆到单杂载体上肯定不行,他这个系统你bait越长非特异结合越多,AbA抑制不住

朋友您好!可以向你请问一些酵母单杂的问题吗?

发自小木虫IOS客户端
7楼2018-11-07 19:27:31
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薇薇薇薇儿

新虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 长村老宅 at 2018-09-25 15:41:19
你把整个启动子克隆到单杂载体上肯定不行,他这个系统你bait越长非特异结合越多,AbA抑制不住

大佬大佬,可以请教一点关于酵母单杂交实验的事情么,小硕一个,这个实验挣扎很久了。
8楼2020-12-10 18:54:02
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wenky

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 长村老宅 at 2018-09-25 15:41:19
你把整个启动子克隆到单杂载体上肯定不行,他这个系统你bait越长非特异结合越多,AbA抑制不住

请问:用启动子全长做单杂,相当于诱饵启动子和Pmin基础启动子串联。如果猎物蛋白能调控诱饵启动子表达,是不是就不用考虑Pmin启动子的活性了?

发自小木虫Android客户端
9楼2021-07-13 07:46:27
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