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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助成功】：季铵盐建模
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pumf

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功】：季铵盐建模

请教各位高手，我想建立一个18烷基3甲基溴化铵，不知道怎么建立啊?谢谢了哦。

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 21:00 ]
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1楼 2009-03-21 21:39:32
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie 3-22 13:20
从C18开始画，末端添加N然后补3个C——自动加H——把N的formal charge改为+1——在N上再补上一个Br——简单整理一下结构；以上都用单键链接各元素。
接下来，把Br-N键删掉，选择Br，自动计算close contact，计算完成后，删除除了Br-N这条以外的其他虚线，把虚线选中更改radius type为ionic——自动计算力场（我选的是compass）——看一下Br的formal charge是不是-1了——Br力场此时为br-，而N的力场为n4+——完成

如果是在离解状态下的模拟，Br部分可以不考虑，因为已经离子化了，两部分的形态上就没什么相关了
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不抛弃，不放弃
2楼2009-03-21 23:24:30
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pumf

木虫 (正式写手)
谢谢啊。我实在MS软件中建模，不知道你说的能不能行。总之谢谢你啊。到时候不行再请教你啊，呵呵。
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3楼2009-03-22 19:24:51
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saitou

木虫 (正式写手)
怎么会有不行的，来这版求助，我当然也是按照MS的操作描述的，这都是我事先做好再写出来的
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不抛弃，不放弃
4楼2009-03-23 09:43:38
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pumf

木虫 (正式写手)
哈哈，那是我多虑了，谢谢啊。
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5楼2009-03-23 19:08:11
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pumf

木虫 (正式写手)
我按照你的方法做了，但由于我是个新手，在做完“删除除了Br-N这条以外的其他虚线”这步之后，在“更改radius type”时，找不到在哪里改，然后也不知道如何“自动计算立场”，想麻烦你说具体点。
真是麻烦你了，谢谢。
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6楼2009-03-24 19:24:07
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saitou

木虫 (正式写手)
★
qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 3-25 21:20
钩中菜单view-explorers-property explorer，选中Br-N的虚线后，在出来的窗口中可以找到第一个问题答案

自动计算力场是Discover的setup窗口里的一个功能，如果不知道如何选择参数，须参考相应的help

不用客气
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7楼2009-03-24 22:56:56
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