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脉脉如烟金虫 (小有名气)
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[求助]
如何使用高斯ONIOM模型中mechanical embedding方法已有1人参与
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【求助】ONIOM的mechanical embedding方法 Gaussian的ONIOM模型对MOF材料QM/MM计算，考虑MM对QM电荷嵌入的时候，有mechanical embedding（法一） 和 electronic embedding（法二）两种方法。我先尝试两种方法优化初始复合物比较其对结构的影响发现： 法一的路径部分输入：#p ONIOM(B3LYP/6-31G*:UFF=QEQ) opt scfcon=6 scfcyc=400 optcyc=200 结果：.log文件发现MM部分的电荷均为0.0000。没加成功 请问1：使用mechanical embedding方法的正确输入是什么样子的呢；是需要提前计算或查找MM区片段电荷进行嵌入吗，如何实现呢？ 法二的路径部分输入：#p ONIOM(B3LYP/6-31G*:UFF=QEQ)=scalecharge=5 opt scfcon=6 scfcyc=400 optcyc=200 结果：.log文件发现MM部分均有电荷。但是优化过程中能量竟在10-2000kcal/mol的范围内强烈震荡！！ 请问2：我的体系QM部分有破坏共价键，electronic embedding电子嵌入不合适导致的能量震荡吗？ 请问3：体系中有溴阴离子，用什么基组比较合适呢？6-31+G*可以吗？ 以上三个问题，恳请帮忙啊。谢谢啊！！  |
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铁杆木虫 (正式写手)
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- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
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>>>>>>法一的路径部分输入：#p ONIOM(B3LYP/6-31G*:UFF=QEQ) opt scfcon=6 scfcyc=400 optcyc=200 这样写是ME，没有问题。问题是你在用QEQ电荷，QEQ电荷的产生与初始结构有关，如果用这样写的话，你每次计算使用的电荷是不一样的，最后你计算出来的能量会出现问题的。 >>>>>>结果：.log文件发现MM部分的电荷均为0.0000。没加成功 你看到的电荷是Mulliken charges吧？如果是这样的话，MM部分的电荷为0.0000是正常的。你看看哪些原子有charge，是不是都是QM区域的原子？找找这个charge是怎么来的？ |
2楼2018-05-07 09:34:57