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zsulele金虫 (初入文坛)
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[求助]
生物小白请教16S rDNA测序一定要做平行吗 已有1人参与
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本人生物小白，近期有一批底泥样需要委外检测细菌微生物多样性。 测序公司力荐做生物学重复，说这样更便于发文章。 身边有些同学做毕业论文是没做平行的。 经费有限，矛盾中~ 请教各位大牛，在需要使用数据发SCI的前提下，是否一定要做平行？ and 想了解氮磷相关微生物，V4区和V3V4区哪个更合适？ |
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2楼2018-04-28 09:35:04
【答案】应助回帖
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建议是做生物学重复，如果1个组，1个样本的话，举个例子，就比如一块地，有个鸟屎落在一个点上，你这个样正好取了这个点，那么你这个点本身是有差异的。建议是1组至少取3个，如果经费充足，建议是多取一些。 V4区和V3-V4区是检测细菌的通用区域，但其结果是你样本中细菌的种类和相对丰度，无法看出结果中这些细菌哪些跟磷、氮循环相关。 你如果是想了解参与氮循环、磷循环相关的微生物，建议是先寻找参与氮循环、磷循环的酶，然后找到编码这些酶的基因，根据他们的特异性引物，用二代高通量技术进行检测，得出含有这些酶的微生物。 比如固氮微生物，可以用二代高通量技术，检测nifH这个基因（这个基因具有固氮功能），那么结果就是都含有nifH的微生物，即具有固氮功能的微生物。 目前氮循环中，研究的比较透，固氮、硝化、反硝化等，涉及的基因比较多。 磷循环的话，研究的还比较少。 |
3楼2018-07-09 15:26:32