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高斯计算
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| 想要找一个反应体系，用高斯计算寻找过渡态，进而研究其反应机理。大家谁能提供比较简单的反应体系，要求体系不要太大。谢谢 |
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2楼2009-03-19 18:23:13
gaoxiang6521
铁杆木虫 (著名写手)
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- 专业: 病原细菌、细菌感染与宿主
3楼2009-03-19 18:39:14
Toby_John
铁杆木虫 (职业作家)
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- 性别: GG
- 专业: 模式识别
详见http://hgwangshuai.blog.163.com/blog/static/480652200782352425860/
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寻找过渡态不是一件容易的事（对于我和大多数刚涉及量化的人来说），因此我希望通过写这个经验小结能对大家有些帮助。 1.首先遇到的问题是，用哪种方法来寻找过渡态？ GAUSSIAN提供的方法是QSTN和TSN方法。两种方法各有优点和缺点。QSTN方法特别QST3方法要求输入反应物，过渡态的猜测结构，产物这三者的结构。特别麻烦。但很管用，一般不会出现不收敛的情况。对于TSN（对应关键词为OPT=TS）方法，只要求输入过渡态的初始结构，但这个初始结构非常的关键，如果结构不好，则很容易出现不收敛的情况。所以我建议，如果是刚开始做过度态的话，用QSTN方法是好的选择，等有了“感觉”之后，再用TSN方法。 2. 怎么解决经常出现的错误？ 在找过度态的时候，经常碰到的一些问题就是（1）不收敛，（2）有一个错误的本征值（错误信息为：there is a wrong sign eigenvalue in hessian matrix.....)，（3）和LINK9999错误导致退出。对于不收敛的情况，可以分为两类，比如提示信息里的CONVERGENCE FAILER 提醒收敛到了10（-5），而此时你设定的SCF循环次数也仅仅是64步，那么完全有希望通过加大SCF循环次数来达到收敛的目的。倘若只收敛到10（-3）或10（-2），此时加大循环次数可能就没用了。结果还是CONVERGE FAILER。 此时可采用SCF=QC，来达到强制收敛的目的 。因为SCF=QC（LINK508）的计算量比默认的L502要大，所以不到万不得以就不用它了。出现第二个错误可以直接用 关键词OPT=NOEIGEN 来实现。LINK9999出错是因为已经走完了默认的步数，但还未完成。系统会自动跳出。出现这种情况大多数就是因为优化步数和SCF步数超过了默认值。可用OPT（MAXCYCLE=100）和SCF（MAXCYCLE=300）来改错。 3.怎么样控制过渡态的优化，使得过渡态不至于收敛到其他的分子结构中去？ 我用GAUSS VIEW 可以解决这个问题 ，当刚开始运行GAUSSIAN时，你用GVIEW去打开输出文件时，你可以看到你的过渡态的初始输入结构，当一个循环过后（从上一个LINK502到下一个LINK502），你再打开输出文件，你就可以清晰地看到优化一步后分子的构型，这样就可以随时监控过度态分子的结构，倘若已经有收敛到其他分子构型的趋势时，你就可以把它给KILL了，而不至于需要等全部工作结束后，打开输出文件才知道已经不是想要的过渡态了。 如果收敛到其它的构型上去，可以考虑缩小OPT的步长.iop(1/8=2或3）即可。 4. 还需要加其它的关键词吗？ 建议在OPT中加入CALCFC。这样可以加大找到过渡态的几率。本人深有体会！ 5. 如何控制寻找过渡态的步长？ 这个可以用IOP来实现。具体相应的IOP是iop(1/8)=2，此语句说明在找过度态的时候，以2A（A为基本单位长度）为单位来寻找过渡态。（转自量子化学网，作者：elizerbeth） |
4楼2009-03-19 21:28:38