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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 有没有大佬做分子力场的，交流一下。
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)

[交流] 有没有大佬做分子力场的，交流一下。

本人先抛砖引玉，研究了大半年的buckingham势函数的拟合，前面使用gulp对晶体的弹性常数、晶格常数、能量等性质拟合，由于是多种原子，想去做个可移植势函数，因此使用了多个晶体的数据去拟合。感觉对于多种离子体系的拟合有点困难，到第三种晶体性质拟合的时候死活拟合不好，改变权重比也不行。
最后选择放弃gulp，选择force match的方法去拟合，力的数据可以从castep中得到，但是怎么实现对6个对势，18个参数的拟合无从下手，希望大佬能不吝赐教。

1

[ last edited by 流浪猫小琪 on 2024-4-23 at 13:06 ]

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[ Last edited by 流浪猫小琪 on 2024-4-23 at 13:06 ]
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1楼 2018-04-13 18:12:17
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板桥霜

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
29楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2018-04-14 16:12:49
自己正在考虑写一个matlab的最小二乘法的算法，还没开始写代码。我记得看过一个potfit的视频，拟合的EAM嵌入势，没有buckingham势。
我主要做的是对势，buckingham势，用于熔盐或者晶体性质的模拟，看过国外一篇文 ...

你好，你在哪儿看到的potfit拟合的视频，能分享一下吗？谢谢
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50楼2019-09-27 11:58:46
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tableman

木虫之王 (文学泰斗)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
三月三假日快乐！
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8楼2018-04-13 21:27:42
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
自己写的拟合代码？有没有试试potfit程序？遗传算法比较合适。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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12楼2018-04-13 23:44:50
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star_zhang

禁虫 (文学泰斗)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
这个，有些小众。
我有一本最新分子力场的英文书籍，犹豫再三，没有上传发布在论坛，就是考虑关心的人数太少。
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20楼2018-04-14 06:57:49
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liuqiang68

至尊木虫 (文坛精英)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
加油!
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22楼2018-04-14 07:34:13
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liuqiang68

至尊木虫 (文坛精英)
加油!
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23楼2018-04-14 07:34:25
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by brucefan at 2018-04-13 23:44:50
自己写的拟合代码？有没有试试potfit程序？遗传算法比较合适。

自己正在考虑写一个matlab的最小二乘法的算法，还没开始写代码。我记得看过一个potfit的视频，拟合的EAM嵌入势，没有buckingham势。
我主要做的是对势，buckingham势，用于熔盐或者晶体性质的模拟，看过国外一篇文献，说是分批次拟合势函数的参数，遗传算法可以实现吗？
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29楼2018-04-14 16:12:49
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by star_zhang at 2018-04-14 06:57:49
这个，有些小众。
我有一本最新分子力场的英文书籍，犹豫再三，没有上传发布在论坛，就是考虑关心的人数太少。

虽然有些小众，但是对于开辟分子动力学在其他学科的应用具有重要的意义。对于我们这种本身不是材料专业，发篇好文章太难，开发力场是我觉得还不是那么遥不可及的方向。如果可以，上传吧，拯救苍生。还有能不能可以发我一本，我可以按照正版原价支付。
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30楼2018-04-14 16:18:32
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
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流浪猫小琪
31楼2018-04-14 18:39:25
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
31楼: Originally posted by brucefan at 2018-04-14 18:39:25
遗传算法可以一次拟合所有参数。不过计算量很大。MATLAB肯定是不合适的。potfit程序有你要的势函数拟合。你这个就是对势加上库伦力。氧化硅，氧化镁等的例子都有。遗传算法是这个程序采用的拟合算法之一。
...

非常感谢。请问您是做过这方面的工作吗，可否拜读下您的文章？

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32楼2018-04-14 21:24:27
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
32楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2018-04-14 21:24:27
非常感谢。请问您是做过这方面的工作吗，可否拜读下您的文章？
...

我没做过。但我在写一个类似的程序，所以学习了一些。我说的这个potfit程序应该是目前最适合你的。建议你去学习该程序。等掌握了这个程序，要改改代码什么的也是很容易的。

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34楼2018-04-14 22:25:23
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
32楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2018-04-14 21:24:27
非常感谢。请问您是做过这方面的工作吗，可否拜读下您的文章？
...

我自己写的程序叫GPUMD。我正在考虑加上势函数拟合的功能，但这个事情恐怕很难在近几个月完成。所以我建议你去学习potfit程序。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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35楼2018-04-14 22:28:20
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
34楼: Originally posted by brucefan at 2018-04-14 22:25:23
我没做过。但我在写一个类似的程序，所以学习了一些。我说的这个potfit程序应该是目前最适合你的。建议你去学习该程序。等掌握了这个程序，要改改代码什么的也是很容易的。
...

我已经开始学习了，感觉不太难，反正一路都是摸索走来的。谢谢指点，并且也祝福你工作顺利。

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40楼2018-04-15 19:16:22
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我就是做force match的, 有些经验.
Buckingham势拟合相对简单, 因为只有一个非线性参数, 也就是指数项.
你的体系有6个对势, 也就只有6个非线性参数, 用普通的simplex方法或powell方法拟合就好.
GA等方法听起来很高明, 但只有非线性参数多到一定程度的时候才可以试试. 对你的体系没有必要使用
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41楼2018-04-18 23:09:33
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
41楼: Originally posted by jerkwin at 2018-04-18 23:09:33
我就是做force match的, 有些经验.
Buckingham势拟合相对简单, 因为只有一个非线性参数, 也就是指数项.
你的体系有6个对势, 也就只有6个非线性参数, 用普通的simplex方法或powell方法拟合就好.
GA等方法听起来很 ...

前辈好，抱歉过了几天才回复。我还有几个问题想请教一下。1、simplex和powell两种算法在Matlab上面可以实现吧？2、关于使用castep准备原子受力数据，我是做的熔盐，打算用两百个原子跑个npt，跑到平衡态，并且多跑几个不同元素比例的，再进行拟合，前辈觉得怎么样？3、如何验证势函数，直接的是势函数计算原子受力与第一性原理对比，其次是势函数计算熔盐性质与真实情况下的对比，请问前辈还有其他的方法吗？

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42楼2018-04-27 09:25:37
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
42楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2018-04-27 09:25:37
前辈好，抱歉过了几天才回复。我还有几个问题想请教一下。1、simplex和powell两种算法在Matlab上面可以实现吧？2、关于使用castep准备原子受力数据，我是做的熔盐，打算用两百个原子跑个npt，跑到平衡态，并且多跑 ...

1. 可以, 但我不知道matlab是不是有自带的函数
2. 可以, 最好得到参数之后再用新参数跑下MD, 获得构型进而拟合得到新一代的参数, 这样迭代几次直到参数收敛
3. 首先看新参数是否合理, 也就是物理意义上是否合理, 因为Buckingham势能函数在近距离处是存在势垒的, 如果这个势垒太低, 那就是不合理, 需要想办法解决. 还有就是C6项是否合理, a项是否合理. 其次再看你说的那些.
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流浪猫小琪
43楼2018-04-27 19:51:38
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
43楼: Originally posted by jerkwin at 2018-04-27 19:51:38
1. 可以, 但我不知道matlab是不是有自带的函数
2. 可以, 最好得到参数之后再用新参数跑下MD, 获得构型进而拟合得到新一代的参数, 这样迭代几次直到参数收敛
3. 首先看新参数是否合理, 也就是物理意义上是否合理, ...

1、那前辈是在用什么软件，或者我直接使用potfit就可以了。
2、我理解的意思是：用新参数跑MD，然后再用第一性原理计算每一帧的原子受力，用新的受力再来调整参数，不知道我理解的意思是否有误，还请前辈指点。
3、明白，前辈是否发表文章，可否拜读下。
4、还有一个提问想咨询下前辈的看法，我理解的force match不仅可以适用于熔盐这种液体模拟，也可以适用于离子型的固体晶体参数的拟合，不知我的看法是否有误。
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44楼2018-04-30 15:02:33
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
44楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2018-04-30 15:02:33
1、那前辈是在用什么软件，或者我直接使用potfit就可以了。
2、我理解的意思是：用新参数跑MD，然后再用第一性原理计算每一帧的原子受力，用新的受力再来调整参数，不知道我理解的意思是否有误，还请前辈指点。
...

1. 自己写的程序, potfit我没用过, 不清楚
2. 理解正确
3. http://dx.doi.org/10.1063/1.4935599
4. 理论上任何体系都可以拟合
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45楼2018-04-30 23:09:12
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
45楼: Originally posted by jerkwin at 2018-04-30 23:09:12
1. 自己写的程序, potfit我没用过, 不清楚
2. 理解正确
3. http://dx.doi.org/10.1063/1.4935599
4. 理论上任何体系都可以拟合...

非常感谢前辈不吝赐教，现在正在学习论文中。
还有一个事情想咨询下前辈的意见：我在计划申请明年留学基金委海外交流，对国外关于力场开发或者计算化学的大学课题组不太了解，前辈能否提供一些意见那些大学有一些这么样的课题组江流学习？
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46楼2018-05-10 21:35:24
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
46楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2018-05-10 21:35:24
非常感谢前辈不吝赐教，现在正在学习论文中。
还有一个事情想咨询下前辈的意见：我在计划申请明年留学基金委海外交流，对国外关于力场开发或者计算化学的大学课题组不太了解，前辈能否提供一些意见那些大学有一些 ...

分清楚出去交流的目的
不同目的选择不同的学校
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47楼2018-05-10 23:54:40
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
47楼: Originally posted by jerkwin at 2018-05-10 23:54:40
分清楚出去交流的目的
不同目的选择不同的学校...

出去交流唯一的目的就是学习和交流，找个好点的课题组，和有经验的人交流下，学习下别人是怎么计算的，就算是只听听都是可以的。
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48楼2018-05-11 11:39:26
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Verstarfish

新虫 (小有名气)
大佬能加QQ吗

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49楼2019-08-20 15:21:03
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nono20092楼
2018-04-13 18:25   回复  
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sgx7043楼
2018-04-13 18:28   回复  
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youngen4楼
2018-04-13 19:40   回复  
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tzynew5楼
2018-04-13 21:15   回复  
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time886楼
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koobeexia7楼
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麻将老板娘9楼
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KDME10楼
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wdxmu11楼
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syhorchid13楼
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DF1114楼
2018-04-14 00:00   回复  
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drgwv18715楼
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liyushan_116楼
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xhmaohan17楼
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59887815718楼
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班书大人19楼
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erjianxin21楼
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yaoyao14524楼
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1863381849525楼
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dongmings26楼
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安心13141527楼
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yxyapcs27428楼
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ebsbpk2936楼
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sz_kebaoyuan37楼
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BiotageAB38楼
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大虫199239楼
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