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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS 分子动力学计算纳米高分子复合体系拉伸曲线时遇到的问题
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Alehmn

新虫 (著名写手)

[求助] LAMMPS 分子动力学计算纳米高分子复合体系拉伸曲线时遇到的问题 已有1人参与

求大神赐教怎样在NPT系综下同时实现某一个方向的压力保持不变的前提下使整个盒子的体积也保持不变

主要是为了计算体系的stress-strain behavior , 使盒子在x 方向拉长，为了体积不变那么y 和z方向按理说应该也要缩小，但是同时为了准确计算在x方向的受力就不得不保持y和z方向的压强为0，如下是我的in文件，运行后在最后的15000开始时报错：
ERROR: Cannot use fix npt and fix deform on same component of stress tensor

PS：穷人只有6.6金币了 加我我发红包或者以后还答主吧

# VARIABLES
variable fname index PE.data
variable simname index PE
# in.file
dimension               3   
boundary               p p p
units            lj
atom_style           molecular
neighbor               0.3 bin
neigh_modify           delay 2 every 2 one 20000 page 1000000
special_bonds    lj 1.0 1.0 1.0
  
read_data       PE.data
  
bond_style      fene
bond_coeff      1 30.0 1.5 0.0 1.0
bond_coeff      2 30.0 1.5 0.0 1.0
angle_style     cosine
angle_coeff     1    10.00000   
angle_coeff     2    10.00000   
pair_style      lj/expand   2.500000   
pair_modify     shift yes
pair_coeff      1*2 1*2 1.0 1.0 0.0 1.12246
pair_coeff      1*2 3  1.000  1.00  2.00  2.50
pair_coeff      3 3 3.0 1.0   4.000000       1.122460   
  
group           chain type 1 2
group           np type 3
  
fix             1 all nve/limit 0.0005
  
thermo                   50000
dump                       1 all custom 50000 dump.all.lammpstrj id type x y z
  
timestep              0.005
run             50000
write_restart run1.restart

unfix           1
velocity        chain create 2.0       733994 dist gaussian

fix             3 all nvt temp 2.0 1.0 50.0
run             1500000
fix             3 all nvt temp 1.0 1.0 50.0
run             1500000
unfix     3
variable e equal "(lx-35.0)/35.0"
variable p equal "((pxx+pyy+pzz)/3-pxx)*1.5"
fix             4 all npt temp 1.0 1.0 50 y 0 0 1000 z 0 0 1000 drag 2
fix                5 all deform 1 x scale 2.0 y volume z volume
fix def1 all print 100 "${e} ${p}" file ${simname}.def1.txt screen no
thermo_style        custom step temp pxx pyy pzz lx ly lz epair ebond eangle vol v_e v_p
thermo          300
timestep        0.005
run             15000
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1楼 2018-04-12 01:18:59
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果你希望（或者认为）垂直方向是保持零压的，那么就在垂直方向控压，否则不要在垂直方向控压。仅此而已。

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2楼2018-04-12 03:17:23
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Alehmn

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2018-04-12 03:17:23
如果你希望（或者认为）垂直方向是保持零压的，那么就在垂直方向控压，否则不要在垂直方向控压。仅此而已。

您好，我希望在垂直方向控压，并且长度一定缩小，但是怎么用Lammps语句实现呢

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3楼2018-04-12 14:41:40
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

用fix npt 指定垂直方向的压强即可。拉伸方向的压强不可再指定。

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Alehmn
4楼2018-04-12 23:46:03
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Alehmn

新虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by brucefan at 2018-04-12 23:46:03
用fix npt 指定垂直方向的压强即可。拉伸方向的压强不可再指定。

谢谢樊老师

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5楼2018-05-03 21:01:27
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panhui326

新虫 (初入文坛)
请假楼主，拉伸体积一定有变化吧，为什么要保持体积不变呢？求指教，谢谢

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6楼2019-08-10 16:36:36
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Alehmn

新虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by panhui326 at 2019-08-10 16:36:36
请假楼主，拉伸体积一定有变化吧，为什么要保持体积不变呢？求指教，谢谢

这个跟你的模拟的东西有关，泊松比

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7楼2019-08-18 23:16:44
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