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DFTB+计算MD过程的报错分析 已有1人参与
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遇到failure in diagonalisation routine DSYGVR，unable to complete cholesky factorization of B 6785这种类型的错误，看到有些说法认为是原子几何构型离谱，如两个原子太接近。 可是我的构型又存在于水盒子里，如何在hsd文件改错，或是加大水盒子，让水分子更分散些？求教求教(?￣? ?? ￣??)@月只蓝@beefly |
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ChemiAndy
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
糕分梓lira: 金币+20 2018-04-04 20:25:09
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糕分梓lira: 金币+20 2018-04-04 20:25:09
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某两个原子靠的太近，说明初始模型搭建的不好，跟你的hsd文件钟参数设置没有关系。 直接加大现有盒子尺寸并不能让两个靠的太近的原子分开。如果你用packmol搭的模型，怀疑packmol把它们堆的太紧，那么你需要根据体系的密度重新计算水分子的个数，或者加大盒子的尺寸之后重新搭建初始模型。 如果只是某两个原子靠的太近，也可以用gaussview, materialstudio等可视化软件打开你现在的盒子文件，找到靠的太近的原子，手动把他们挪开一点，然后重新导入dftb+进行计算。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2018-04-04 15:03:39
送红花一朵 |
首先谢谢老师的回答， 我用packmol生成的水盒子从3000个水分子，50*50*50的尺寸降到1000个水分子，70*70*70的尺寸，现在不产生之前的错误了。但是现在出现了SCC is NOT converged, maximal SCC iterations exceeded，并且在第二步就出现了。所以我怀疑还是我的hsd文件没有设置对。我这边只是尝试了把timestep改小，SCCTolerance改大，Temperature [Kelvin]升高，仍报错。 我想问下老师，这种错误应该怎么避免。我这里贴出我的hsd和gen，我初试DFTB+做MD，希望老师帮我看看哪里的设置有问题。十分感谢老师。 |
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- 附件 2 : mixture.gen
2018-04-04 20:38:58, 1.02 K
2018-04-04 20:38:58, 110.54 K
3楼2018-04-04 20:39:14