| 查看: 2449 | 回复: 2 | ||
[求助]
DFTB+计算MD过程的报错分析 已有1人参与
|
|
遇到failure in diagonalisation routine DSYGVR，unable to complete cholesky factorization of B 6785这种类型的错误，看到有些说法认为是原子几何构型离谱，如两个原子太接近。 可是我的构型又存在于水盒子里，如何在hsd文件改错，或是加大水盒子，让水分子更分散些？求教求教(?￣? ?? ￣??)@月只蓝@beefly |
回复此楼» 本帖@通知
» 猜你喜欢
青基已中
已经有2人回复
-
散金币祈福
已经有186人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有282人回复
-
求助，如何提取ELK的rt-TDDFT在某一时刻的自旋密度分布和电子密度分布
已经有1人回复
-
澳门大学IAPME李海峰教授常年招收博士研究生
已经有0人回复
-
澳门大学IAPME李海峰教授常年招收博士研究生
已经有0人回复
-
澳门大学IAPME李海峰教授常年招收博士研究生
已经有0人回复
-
深圳大学应用技术学院招聘凝聚态物理博士后
已经有109人回复
-
深圳大学2027级光电信息工程/物理学研究生推免
已经有64人回复
-
求助中医院临床中医中标的青年标书学习，谢谢
已经有4人回复
-
浙大物院表面物理课题组长期招收普博及直博学生
已经有257人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 计算强帖: 1
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
糕分梓lira: 金币+20 2018-04-04 20:25:09
感谢参与，应助指数 +1
糕分梓lira: 金币+20 2018-04-04 20:25:09
|
某两个原子靠的太近，说明初始模型搭建的不好，跟你的hsd文件钟参数设置没有关系。 直接加大现有盒子尺寸并不能让两个靠的太近的原子分开。如果你用packmol搭的模型，怀疑packmol把它们堆的太紧，那么你需要根据体系的密度重新计算水分子的个数，或者加大盒子的尺寸之后重新搭建初始模型。 如果只是某两个原子靠的太近，也可以用gaussview, materialstudio等可视化软件打开你现在的盒子文件，找到靠的太近的原子，手动把他们挪开一点，然后重新导入dftb+进行计算。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2018-04-04 15:03:39
送红花一朵 |
首先谢谢老师的回答， 我用packmol生成的水盒子从3000个水分子，50*50*50的尺寸降到1000个水分子，70*70*70的尺寸，现在不产生之前的错误了。但是现在出现了SCC is NOT converged, maximal SCC iterations exceeded，并且在第二步就出现了。所以我怀疑还是我的hsd文件没有设置对。我这边只是尝试了把timestep改小，SCCTolerance改大，Temperature [Kelvin]升高，仍报错。 我想问下老师，这种错误应该怎么避免。我这里贴出我的hsd和gen，我初试DFTB+做MD，希望老师帮我看看哪里的设置有问题。十分感谢老师。 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : dftb_in.hsd
- 附件 2 : mixture.gen
2018-04-04 20:38:58, 1.02 K
2018-04-04 20:38:58, 110.54 K
3楼2018-04-04 20:39:14
