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不眠人金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】用Dmol计算反应路径的若干问题。
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最近正在学习做反应路径，遇到很多问题，问题可能有点小儿科，但还是希望能够得到大家的帮助！！ 第一：对于一个反应有两个反应物的体系，这两个反应物怎么进行优化。是两个放在一个文件中优化呢？还是分开优化好了以后再放到一个文件中。 第二：是不是一个体系同时有很多个产物，我们就需要将每一种情况看做最后产物就行优化、过渡态寻找、确认什么的。但是遇到一个问题：某一种产物中可能不包含反应物中所有的元素，这种情况在TS-search前的原子配对时候怎么操作。 第三：有的过程中有多个过渡态，目前我只知道利用反应物和产物找到一个过渡态，但是其他的过渡态不知道怎么来找。举个例子，比如说A--B的一个反应，找到了过渡态C，但是文献中说还有一个过渡态D，那么D怎么找出来，是不是将A作为反应物C作为产物再进行过渡态寻找(或者是C作为反应物，B作为产物)。 第四：TS confirm的功能到底是什么不是很明白，过渡态确认后得到一个xsd文件，这个文件中的结构是个什么东西。 第五：中间体怎么得到，是不是过渡态确认可以得到中间体。确认后得到的图表中各条路径都经过的那一点应该就是过渡态，那么得到的能量最低点是不是就是我们要得到的中间体。 以上问题希望得到广大高手的帮助，谢谢！ [ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 20:33 ] |
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2楼2009-03-24 19:48:31
cenwanglai
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呵呵，我也是初学者，回答不了楼主的问题。但是直接从化学反应的复杂性来看，中间物由软件从反应物与产物直接“计算出来”的可信度不高吧？目前的计算难道发展到可以不依赖经验参数输入直接预测正确结果? 如果从实验结果入手，提出反应路径模型，再结合模拟计算来优化是不是要合理些？概括起来就是：实验+计算=合理的反应模型。 这样的优势是对计算结果解释起来可能会更方便。 不同结构的优化还是放在两个文件中比较好吧？至少从软件工程的角度来看，可读性也是很重要的。 [ Last edited by cenwanglai on 2009-3-24 at 20:31 ] |
3楼2009-03-24 20:25:52
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zxzj05(金币+3,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 3-31 17:13
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第一，反应物如果有两个或以上时，我们先对每一个反应物进行优化，然后把他们组合在一个xsd文件中一起构型优化，直到没虚频为止。 第二，有几种产物，先对每一种产物构型优化，然后把产物组合一起优化，在进行reactants products匹配。 第三，我也不知道。你的方法倒是很创新。 第四，好像TS-Cof是根据内禀反应坐标，验证反应物和产物是否是能量最低点。 第五，你好像说反了，图表中各条路径都经过的那一点应该就是中间体，过渡态是马鞍点。 个人认为，不知道对不对，大家讨论下。 |
5楼2009-03-31 14:28:39
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6楼2009-04-05 15:39:10
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