| 查看: 644 | 回复: 6 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
不眠人金虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】用Dmol计算反应路径的若干问题。
|
||
|
最近正在学习做反应路径，遇到很多问题，问题可能有点小儿科，但还是希望能够得到大家的帮助！！ 第一：对于一个反应有两个反应物的体系，这两个反应物怎么进行优化。是两个放在一个文件中优化呢？还是分开优化好了以后再放到一个文件中。 第二：是不是一个体系同时有很多个产物，我们就需要将每一种情况看做最后产物就行优化、过渡态寻找、确认什么的。但是遇到一个问题：某一种产物中可能不包含反应物中所有的元素，这种情况在TS-search前的原子配对时候怎么操作。 第三：有的过程中有多个过渡态，目前我只知道利用反应物和产物找到一个过渡态，但是其他的过渡态不知道怎么来找。举个例子，比如说A--B的一个反应，找到了过渡态C，但是文献中说还有一个过渡态D，那么D怎么找出来，是不是将A作为反应物C作为产物再进行过渡态寻找(或者是C作为反应物，B作为产物)。 第四：TS confirm的功能到底是什么不是很明白，过渡态确认后得到一个xsd文件，这个文件中的结构是个什么东西。 第五：中间体怎么得到，是不是过渡态确认可以得到中间体。确认后得到的图表中各条路径都经过的那一点应该就是过渡态，那么得到的能量最低点是不是就是我们要得到的中间体。 以上问题希望得到广大高手的帮助，谢谢！ [ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 20:33 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
298求调剂
已经有4人回复
-
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）做过分子实验
已经有7人回复
-
288求调剂，一志愿华南理工大学071005
已经有11人回复
-
一志愿深大085601材料工程专业（专硕）300分可以调剂去哪
已经有13人回复
-
一志愿郑州大学085600求调剂
已经有24人回复
-
327求调剂
已经有12人回复
-
327求调剂
已经有10人回复
-
材料考研求调剂总分280
已经有28人回复
-
308求调剂
已经有14人回复
-
材料专硕调剂
已经有13人回复
不眠人
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2464.5
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 189
- 在线: 85.1小时
- 虫号: 613374
- 注册: 2008-09-26
- 专业: 多相流热物理学
2楼2009-03-24 19:48:31
cenwanglai
荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
- 1ST强帖: 5
- 应助: 46 (小学生)
- 贵宾: 8.842
- 金币: 7440.4
- 散金: 9654
- 红花: 118
- 沙发: 23
- 帖子: 5306
- 在线: 1961.4小时
- 虫号: 537452
- 注册: 2008-04-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 仿真模拟
★
qasd(金币+1,VIP+0):谢谢,期待多参与讨论 3-27 10:34
qasd(金币+1,VIP+0):谢谢,期待多参与讨论 3-27 10:34
|
呵呵，我也是初学者，回答不了楼主的问题。但是直接从化学反应的复杂性来看，中间物由软件从反应物与产物直接“计算出来”的可信度不高吧？目前的计算难道发展到可以不依赖经验参数输入直接预测正确结果? 如果从实验结果入手，提出反应路径模型，再结合模拟计算来优化是不是要合理些？概括起来就是：实验+计算=合理的反应模型。 这样的优势是对计算结果解释起来可能会更方便。 不同结构的优化还是放在两个文件中比较好吧？至少从软件工程的角度来看，可读性也是很重要的。 [ Last edited by cenwanglai on 2009-3-24 at 20:31 ] |
3楼2009-03-24 20:25:52
4楼2009-03-27 09:54:05
4everqiang
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 111.5
- 散金: 10
- 帖子: 54
- 在线: 10.7小时
- 虫号: 733751
- 注册: 2009-03-28
- 性别: GG
- 专业: 催化化学
★ ★ ★
zxzj05(金币+3,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 3-31 17:13
zxzj05(金币+3,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 3-31 17:13
|
第一，反应物如果有两个或以上时，我们先对每一个反应物进行优化，然后把他们组合在一个xsd文件中一起构型优化，直到没虚频为止。 第二，有几种产物，先对每一种产物构型优化，然后把产物组合一起优化，在进行reactants products匹配。 第三，我也不知道。你的方法倒是很创新。 第四，好像TS-Cof是根据内禀反应坐标，验证反应物和产物是否是能量最低点。 第五，你好像说反了，图表中各条路径都经过的那一点应该就是中间体，过渡态是马鞍点。 个人认为，不知道对不对，大家讨论下。 |
5楼2009-03-31 14:28:39
不眠人
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2464.5
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 189
- 在线: 85.1小时
- 虫号: 613374
- 注册: 2008-09-26
- 专业: 多相流热物理学
6楼2009-04-05 15:39:10
不眠人
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2464.5
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 189
- 在线: 85.1小时
- 虫号: 613374
- 注册: 2008-09-26
- 专业: 多相流热物理学
7楼2009-04-05 15:46:41
