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【分享】Gaussian03在linux下的安装和使用
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先说一下，我安装的环境suse企业版9.0（sp1）64位，cpu个数是4个，内存5G，硬盘空间是110G. 在官网上说Gaussian03默认是支持的linux是suse9.0。其实大多数的linux的内核都是一样的，只不过是名字不同而已。 我从网上下载的版本是g03e01-em64t.tar.gz，据说是Gaussian03的最新版本。这里要说明一下，INTER和AMD两大提供cpu厂商对Gaussian03的支持都是不同的，最好能下载针对自己服务器cpu的Gaussian03版本，这样才能发挥服务器的最大能力。 Gaussian03的并行运算分两种。一种是在网上经常看到的cluster，就是把几台单机通过100/1000M以太网联起来，通过linux下的NFS和NIS来进行并行运算。这种并行是基于文件系统级的并行运算，运算的速度取决于网络的速度和操作系统、文件系统的配合以及单机IO的能力。使用这种模式的时候，要使用一个叫linda的并行程序，一定要注意Gaussian03支持的linda版本号。另一种就是在支持多CPU的单服务器上做多cpu间的并行运算。这种模式对服务器的投资很大，但是由于服务器的体系构架与单机PC有很大的不同，多CPU间并行运行没有网络带宽的限制，而且服务器的IO的技术是基于SCSI，其速度明显高于PC的IO。目前的服务器大多数都支持64位操作系统，64位操作系统可以使用超过4G的内存和文件大小支持超过16G，这一点对Gaussian03很的重要，因为在做Gaussian03运算的时候，我发现Gaussian03有时候产生大于16G临时文件，如果在32位操作系统下会运算失败的。 闲言少叙，直入主题吧。 1、装好的suse下建一个用户，我建的用户是abis（名字无所谓） 2、用abis登陆，ftp将g03e01-em64t.tar.gz传到用户目录下（我的是/home/abis/home/下） 3、使用tar -xvf g03e01-em64t.tar.gz将包解开，在abis用户目录下会有一个g03的目录。 4、修改环境变量。vi .bashrc 添加如下： export GAUSS_EXEDIR=/home/abis/home/g03 export g03root=/home/abis/home/g03 export D_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abis/home/g03 export PATH=$PATH:/home/abis/home/g03 export GAUSS_SCRDIR=/tmp/g03(这个是临时文件目录，随便定义，但是要求大小空间50G以上） 这个时候你就可以进行运算了。 1、先做一个输入文件。在windows下Gaussian03生成一个gjf文件。如果想用linux的多cpu文件做如下修改， section： %nproc=4 服务器是4cpu %mem=4096MB 服务器是5G,千万不要全占了 %rwf=1，2000，2，2000.......（针对临时目录小和32位操作系统不支持超过2G文件，可以生成多个2G的临时文件）我做个8个2G的文件的测试。 2、将这个gjf文件ftp到abis用户目录下，注意一定要执行这个命令 dos2unix *.gjf 3、剩下的就是运算了 g03 *.gjf 4、观察运算结果 tail -f *.log 做一个小总结： 1、在windows下修改%nproc是无效的，修改%mem好像效果也不明显。 2、一定要注意临时文件的大小，这是最容易出错的地方，我的临时文件目录是100G 最后，我用我的一个实际应用来说明linux很厉害。我有一个Gaussian03计算在windows2003下运行了8小时44分钟，但是在硬件平台不变的情况下，在suse linux下运行了1个小时。 谨以此篇短文献给我那读博士的老婆，愿她早日毕业，快乐生活。 [ Last edited by yhlllf on 2009-3-17 at 14:10 ] |
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