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Pacbio 16s测序揭示珊瑚被漂白过程中相关微生物动态
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许多研究表明，珊瑚热耐受性与它们所含的共生藻的类型/相对丰度有关，藻类为珊瑚提供色彩和食物。当海面温度升高时，珊瑚就会将虫黄藻排出体内。藻类的流失会导致珊瑚变白。最近研究表明，珊瑚相关细菌分布的变化也显示与珊瑚耐热性的模式有关。在这里，我们使用全长16S rRNA全长测序了解在整个天然漂白事件中Porites黄藻相关细菌和藻群落的动态。 研究方法 1. 样本采集：采样区域位于印度西太平洋，在安达曼海：Maiton（MT）和Racha（RC）岛上1-12月，3月（视觉健康），5月（严重漂白）和8月（视觉健康）分别采样。 2. 全长16S rRNA扩增子测序 3. 进行全长16S rRNA的数据分析。 相对短读长获得的16S rRNA序列的部分可变区域，全长16S rRNA序列更能精确的分析菌群多样性，而基于PacBio测序获得的全长16S rRNA序列，相对Sanger测序而言，更经济，通量更高。随着PacBio测序平台通量和读长不断更新，将为微生物群落多样性和结构的精确鉴定和研究提供了一种经济高效的方式。 参考文献 Pootakham W1, Mhuantong W1, et al.Dynamics of coral- associated microbiomes during a thermal bleaching event[J]. Microbiologyopen 2018 Mar 23:e00604. |
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