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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】（这样的三维数据如何读啊）20个金币求
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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 zhouhui405 的 20 个金币

zhouhui405

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】（这样的三维数据如何读啊）20个金币求

想画出以下数据的三维结构，用什么软件，怎么读啊？
HETATM 1 C UNK 0001 1.801 1.321 0.459
HETATM 2 N UNK 0001 -0.490 0.798 -0.068
HETATM 3 C UNK 0001 0.514 1.841 -0.161
HETATM 4 C UNK 0001 2.146 -0.040 -0.125
HETATM 5 H UNK 0001 1.673 1.240 1.534
HETATM 6 H UNK 0001 0.664 2.121 -1.201
HETATM 7 H UNK 0001 2.444 0.053 -1.164
HETATM 8 H UNK 0001 2.612 2.017 0.276
HETATM 9 H UNK 0001 0.145 2.713 0.365
HETATM 10 H UNK 0001 2.962 -0.502 0.401
HETATM 11 C UNK 0001 -1.484 -1.296 -0.006
HETATM 12 C UNK 0001 -1.914 1.074 -0.200
HETATM 13 C UNK 0001 -2.557 -0.232 0.264
HETATM 14 H UNK 0001 -2.183 1.926 0.412
HETATM 15 H UNK 0001 -3.485 -0.440 -0.250
HETATM 16 H UNK 0001 -1.600 -1.777 -0.969
HETATM 17 H UNK 0001 -2.155 1.313 -1.233
HETATM 18 H UNK 0001 -2.768 -0.178 1.326
HETATM 19 H UNK 0001 -1.443 -2.085 0.724
HETATM 20 C UNK 0001 -0.198 -0.502 -0.034
HETATM 21 N UNK 0001 1.011 -0.964 -0.043
HETATM 22 C UNK 0001 1.367 -2.523 -0.090
HETATM 23 O UNK 0001 2.557 -2.668 -0.069
HETATM 24 O UNK 0001 0.381 -3.209 -0.149
CONECT 1 5 8 3 4
CONECT 2 3 12 20
CONECT 3 1 2 6 9
CONECT 4 1 7 10 21
CONECT 5 1
CONECT 6 3
CONECT 7 4
CONECT 8 1
CONECT 9 3
CONECT 10 4
CONECT 11 16 13 19 20
CONECT 12 14 17 13 2
CONECT 13 11 12 15 18
CONECT 14 12
CONECT 15 13
CONECT 16 11
CONECT 17 12
CONECT 18 13
CONECT 19 11
CONECT 20 11 21 2
CONECT 21 20 4 22
CONECT 22 21 23 24
CONECT 23 22
CONECT 24 22
END

[ Last edited by xuefei06 on 2009-3-17 at 23:31 ]
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1楼 2009-03-16 11:15:40
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S07111072

铁杆木虫 (著名写手)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-16 12:48
用gaussionview看看
赞一下(6人) 回复此楼
2楼2009-03-16 11:32:07
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zhouhui405

金虫 (正式写手)
试了，不行
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3楼2009-03-16 11:38:24
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zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
你这个数据是从什么软件生成的啊，什么格式的啊，这些信息都没有，突然就冒出这个问题，太奇怪了。
赞一下(1人) 回复此楼
分享=快乐 交流=进步
4楼2009-03-16 12:42:33
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sunmuer

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流! 3-16 19:34
引用回帖:
Originally posted by zhouhui405 at 2009-3-16 11:15:
想画出以下数据的三维结构，用什么软件，怎么读啊？
HETATM 1 C UNK 0001 1.801 1.321 0.459
HETATM 2 N UNK 0001 -0.490 0.798 -0.068
HETATM 3 C UNK 0001 0.514 1.841 -0.161
HETATM 4 C UNK 0001 2.146 - ...

做出来的图大致如图显示。
可以用gaussview来搞，不过要去掉里面的一些字符。
大致如下：
%chk=1.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# pbepbe/3-21g/auto

Title Card Required

0 1
  C   1.801 1.321 0.459
  N   -0.490 0.798 -0.068
  C   0.514 1.841 -0.161
  C   2.146 -0.040 -0.125
  H   1.673 1.240 1.534
  H   0.664 2.121 -1.201
  H   2.444 0.053 -1.164
  H   2.612 2.017 0.276
  H   0.145 2.713 0.365
  H   2.962 -0.502 0.401
  C   -1.484 -1.296 -0.006
  C   -1.914 1.074 -0.200
  C   -2.557 -0.232 0.264
  H   -2.183 1.926 0.412
  H   -3.485 -0.440 -0.250
  H   -1.600 -1.777 -0.969
  H   -2.155 1.313 -1.233
  H   -2.768 -0.178 1.326
  H   -1.443 -2.085 0.724
  C   -0.198 -0.502 -0.034
  N   1.011 -0.964 -0.043
  C   1.367 -2.523 -0.090
  O   2.557 -2.668 -0.069
  O   0.381 -3.209 -0.149
========================

然后你根据实际情况调整下。
赞一下(11人) 回复此楼
出清水而不染
5楼2009-03-16 15:21:06
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
LZ 的那个应该是 pdb 格式，找个可以显示蛋白质结构的软件基本上都没有问题，比如 rasmol 等。

也可以用 babel/openbabel 转成其它的格式，比如 mol2 等等
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2009-03-16 17:27:38
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